Klubikarjääri jooksul mängis ta Prantsusmaa kõrgliiga klubides Nantes ja Marseille Olympique, Itaalia kõrgliiga klubis AC Milan, Inglismaa kõrgliiga klubis Chelsea ning Katari kõrgliiga klubides Al-Gharafa ja Qatar SC. Hooajal 1992–93 võitis ta Marseillega UEFA Meistrite Liiga, hooaegadel 1993–94 ja 1995–96 AC Milaniga Itaalia meistrivõistlused ning 1998. aastal Chelseaga UEFA superkarika.
Prantsusmaa jalgpallikoondises mängis Desailly aastatel 1993–2004 ning tuli 1998. aastal maailmameistriks ja 2000. aastal Euroopa meistriks.
