Kasutaja:HerrAugust/liivakast

Allikas: Vikipeedia

Dissulfurirhabdus thermomarina (lühendatud D. thermomarina) on termofiilne, anaeroobne, kemolitoautotroofne pulgakujuline bakter. Bakteri põhiliseks elukeskkonnaks on hüdrotermaalne pinnalähedane suue. D. thermomarina on esimene väävliühendite disproportsionaal, mis on isoleeritud pinnavee keskkonnast.[1]

Ajalugu[muuda | muuda lähteteksti]

Dissulfurirhabdus thermomarina on uus liik uuest perekonnast. D. thermomarina tüve SH388T on avastanud oktoobris 2014. aastal vene mikrobioloog Galina Borisovna Slobodkina et al., uurides hüdrotermaalset pinnalähedast suuet Kunaširi saare ümbruses (Kuriilid, Venemaa).[2] Prooviks oli võetud segu liivast, hüdrotermaalsest vedelikust ja mereveest 12 m sügavusest. Proovide temperatuur varjeerus 60,0–84,0°C ja pH 6,0–6,5.[1] [3] Oma nimetuse bakter on saanud nii elukeskkonna, kui ka oma omaduste poolt. D. thermomarina nimetus koosneb ladina ja vana-kreeka sõnadest. Dis on ladina keelest rikas või kaks. Sulfur (lad.k.) on väävel. Rhabdus (ladina keelest moodustunud kreeka sõna) tähendab lihtne, sirge pulk. Thermo vana kreekast on soe. Marina ladina keelest – kuulub merele. Ehk siis kokku liides D. thermomarina nimetus tähendab: “Sooja mere väävlipulk”. Nimetusest on võimalik järeldada, et väävli oksüdeerumine on bakterile põhiprotsess energia saamiseks.[1]

Bioloogia ja biokeemia[muuda | muuda lähteteksti]

D. thermomarina on gramnegatiivne pulkbakter suurusega 0,2–0,4 × 1,0–2,5 µm. Uurimuste käigus oli tõestatud, et tüve SH388T bakterid ei moodusta endospoore. Bakter kasvab ainult üksinda või paarides. Bakteritel tüvest SH388T on üks polaarne vibur, tänu millele nad on liikuvad. Ta on range anaeroob, energia saamiseks bakter oksüdeerub sulfiti ehk ta on kemotroof. Bakter on nõrgalt halofiilne, tema soolataluvus on suhteliselt madal; suudab kasvada, kui NaCl sisalduse protsent on 0,5–4,0% (optimaalne on aga 2,0–2,5%). D. thermomarina on disproportsionaal ehk ta omandab dismutatsioonilise toimega (vt Disproportionation).[1] [2] D. thermomarina optimaalne kasvutemperatuur on 50,0°C, kuid suudab paljuneda temperatuuri vahemikus 26,0–58,0°C. pH vahemik bakteri paljunemiseks on 5,0–7,0, kuid optimaalne on 6,0–6,5 nagu ka tema elukeskkonnas. SH388T kasutab elektrondoonorina H2, SO2 gaasi või erinevaid sulfiteid elektronaktseptorina ja CO2 C-allikana.[1]

Puhaskultuuri saamine[muuda | muuda lähteteksti]

Veesuudmest saadud proovi puhastamiseks seda inokuleeriti vedelikku, mis oli eelnevalt anaeroobselt ette valmistatud. Vedeliku koostiseks iga destilleeritud vee liitri kohta on: 0.33g NH4Cl, 0.33g KCl, 0.33g CaCl2*6H2O, 0.33g KH2PO4, 18g NaCl, 4.33g MgCl2*6H2O, 2g NaHCO3, 1ml vitamiini lahus, 1ml mikroelementide lahus. pH on olnud 6,5–6,8. Puhaskultuuri saamiseks kulus 15 päeva, inkubeerides proove 50,0°C juures. Täpsemalt puhaskultuuri saamisest võib lugeda originaal artiklist.[1] [3]

Süstemaatika[muuda | muuda lähteteksti]

Kuna D. thermomarina kuulub uuele perekonnale (gen.nov.) siis bakteri süstemaatika ei ole siiamaani lõpuni tehtud, mistõttu temal puudub selts ja sugukond. SH388T on tänaseks ainuke leitud ja uuritud D. thermomarina tüvi.[1] [3]

Füsioloogilised omadused[muuda | muuda lähteteksti]

Dissulfurirhabdus thermomarina on anaeroobne kemolitoautotroof. D. thermomarina ei suuda redutseerida sulfaati, nitraati või ferrihüdriiti kasutades vesinikku, atsetaati, laktaati, püruvaati, suktsinaati, etanooli või peptooni ning ei oksüdeeri elementaarset väävlit või tiosulfaati vesiniku või hapnikuga. Thermomarina ei kasva aroobselt atsetaadi, püruvaadi, suktsinaadi, glükoosi, fruktoosi, maltoosi, sukroosi, arabinoosi ja peptooniga ning ei fermenteeri neid.[1]

Kemotaksonoomilised omadused[muuda | muuda lähteteksti]

Bakteri põhilisteks rasvhapeteks on i-C15:0 (32.4%), C16:0 (23.2%), madalama sisaldusega on veel 4: C18:1w7 (7,8%), i-C17:1w8 (6.8%), C17:1w6 (6.0%), C14:0 (5.7%). On ka teised rasvhapped, mille sisaldus on vähem, kui 5%.[1]

Genoom[muuda | muuda lähteteksti]

Esimene Dissulfurirhabdus thermomarina osaline DNA sekveneerimine (16S ribosomaalse RNA järjestuse puhul) toimus 25.septembril 2017 aastal. Selgus, et tema genoomiks on lineaarne DNA molekul. Uuritava lookuse (KU051627) pikkuseks on 1521 aluspaari. [4] Saadud tulemuste põhjal ehitati fülogeneetiline puu ja võrreldati D. thermomarina teiste Deltaproteobacteria klassi kuuluvate bakteritega. Fülogeneetilise puu põhjal oli tehtud järeldus, et bakteril on kõige rohkem sarnasusi bakteritega Dissulfuribacter thermophilus S69T (91,6%) ja Dissulfurimicrobium hydrothermale Sh68T (90.4%). D. thermomarina on ka kaugsuguvõsas teiste liikidega seltsidest Syntrophobacterales, Desulfobacterales ja Desulfuromonadales. Tüve SH388T genoomse DNA G+C sisaldus on 64,6%.[1]

Huvitavad faktid[muuda | muuda lähteteksti]

  • Ükski katse Dissulfurirhabdus thermomarina erikoloonia saamiseks ei õnnestunud[1]
  • Vaatama sellele, et bakter on leitud aastal 2014, SH388T on tänaseks ainuke liigi tüvi[2] [3]
  • Bakter võib kasvada ka ainult vulkanilisi gaase kasutades[1]
  • Peetakse peamiseks väävli produtsendiks hüdrotermaalses suudmes ehk D. thermomarina mängib olulist rolli biokeemilises väävliringes.[1]

Viited[muuda | muuda lähteteksti]

  1. ↑ 1,00 1,01 1,02 1,03 1,04 1,05 1,06 1,07 1,08 1,09 1,10 1,11 1,12 Dissulfurirhabdus thermomarina gen. nov., sp. nov., a thermophilic, autotrophic, sulfite reducing and disproportionating deltaproteobacterium isolated from a shallow sea hydrothermal vent. Galina B. Slobodkina et al. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016. Volume 66, Issue 7.
  2. ↑ 2,0 2,1 2,2 Dissulfurirhabdus thermomarina. Galina B. Slobodkina. Isiklik päevik.2016.
  3. ↑ 3,0 3,1 3,2 3,3 BacDive database. Dissulfurirhabdus thermomarina[1]
  4. ↑ Dissulfurirhabdus thermomarina strain SH388 16S ribosomal RNA gene, partial sequence [2]
Pärit leheküljelt "https://et.wikipedia.org/w/index.php?title=Kasutaja:HerrAugust/liivakast&oldid=5501075"