Gemmatimonadetes

Allikas: Vikipeedia
Gemmatimonadetes
SEM pilt G. aurantiaca'st
Taksonoomia
Riik: Bakterid Bacteria
Hõimkond: Gemmatimonadetes

Gemmatimonadetes on gramnegatiivsete bakterite hõimkond, mis eristub hästi 16S rDNA analüüsi abil. Hõimkonda kuulub praegu üks 2003. aastal kirjeldatud kultiveeritud bakteriliik ja mitmeid seni veel kultiveerimata baktereid, keda on kirjeldatud erinevates mereveest ja mullast isoleeritud geenijärjestuste põhjal.

Selle hõimkonna esindajatele on iseloomulik DAP puudumine rakukestas.

Käesoleval hetkel kuulub sellesse bakterihõimkonda ainult üks perekond – Gemmatimonas.

Eraldamine[muuda | redigeeri lähteteksti]

Hõimkonna tüüpesindajaks on 2003. aastal reoveepuhastussüsteemi aktiivmudast eraldatud Gemmatimonas aurantiaca.

16S rDNA analüüs näitas, et eraldatud G. aurantiaca tüvi T-27T kuulub bakterite hõimkonda, mida seni oli kirjeldatud vaid keskkonnaproovidest määratud geenijärjestuste kaudu ja tähistatud kui BD rühm (ka KS-B).

Tuvastati, et 16S rDNA järjestuse erinevus teiste bakterihõimkondade vastavatest järjestustest on lausa 19 %, mis on suurem, kui sellisel tuntud hõimkonnal nagu Actinobacteria (18 %), kuid väiksem kui proteobakteritel (23 %), mis on suurim bakterite hõimkond.

Levik looduses[muuda | redigeeri lähteteksti]

Keskkonnast isoleeritud DNA järjestuste alusel eeldatakse, et see hõimkond on looduses laialdaselt levinud ning temas võiks olla vähemalt 4 alamhõimkonda.

Huvitaval kombel näib, et sellesse hõimkonda kuulub nii meres kui ka maismaal elavaid baktereid. Leitud geenijärjestustele tuginedes paistab, et selle hõimkonna esindajaid võiks leida nii mullast, aktiivmudast, soolakoobastest, rannikuäärsest mudast, süvamere setetest, gaasihüdraatidest, arktilisest veest kui ka merekäsnade juurest.

Kuna ühe liigesepõletikku põdeva patsiendi sünoviaalvedelikust eraldatud rRNA analüüsil leiti selle võimalik kuulumine tollel ajal veel määramata Gemmatimonadetes hulka, võivad selle bakterihõimkonna esindajad pakkuda ka meditsiinialast huvi.

Kasutatud kirjandus[muuda | redigeeri lähteteksti]

  • Zhang H, Sekiguchi Y, Hanada S, Hugenholtz P, Kim H, Kamagata Y, Nakamura K (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. nov., sp. nov., a gram-negative, aerobic, polyphosphate-accumulating micro-organism, the first cultured representative of the new bacterial phylum Gemmatimonadetes phyl. nov.". Int J Syst Evol Microbiol 53 (Pt 4): 1155–63. doi:10.1099/ijs.0.02520-0. PMID 12892144.