Restriktaas

Allikas: Vikipeedia

Restriktaasid (sait-spetsiifilised endonukleaasid) on ensüümid, mis lõikavad DNA-d spetsiifilise nukleotiidse järjestuse järgi. Neid spetsiifilisi järjestusi nimetatakse restriktsiooni aladeks.[1][2][3]Selliseid ensüüme on leitud bakteritest ja arhedest kaitsmaks neid kahjulike viiruste eest.[4][5] Bakteris tunnevad restriktaasid neile spetsiifilise koha 4 kuni 8 nukleotiidi järgi ära ja lõikavad võõra DNA sealt katki – sellist mehhanismi nimetatakse restriktsiooniks. Bakteri enda DNA nukleotiidid A ja C metüleerib metülaas selleks, et kaitsta seda aktiivse restriktaasi eest.[6] Selleks, et DNA-d fragmenteerida lõikab restriktaas mõlemast heeliksi jätkust.

Praeguseks on põhjalikult uuritud üle 3000 restriktaasi ja neist ligikaudu 600 kasutatakse igapäevaselt[7] laborites, et teostada DNA modifikatsioone ja manipulatsioone.[8][9][10]

Ajalugu[muuda | redigeeri lähteteksti]

Esimene restriktaas, mis rakkudest puhastati oli HindII. Selle eraldamise, 1970. aastal,[11][12] ja mitmete hilisemate uute restriktaaside karakteriseerimiste[13] tunnustuseks anti 1978. aastal füsioloogia ja meditsiini Nobeli preemia järgnevatele teadlastele: Daniel Nathans, Werner Arber, Hamilton O. Smith.[14] Nende avastus pani aluse rekombinantse DNA tehnoloogia arengule, mis omakorda andis võimaluse näiteks suures mahus kiireks insuliini tootmiseks diabeetikutele, kasutades E. coli baktereid.[15]

Järjestuse spetsiifika[muuda | redigeeri lähteteksti]

Palindroomse ala järjestus on üksühene kui lugeda nukleotiide mõlemal ahelal sama suunaliselt (5’ otsast 3’ otsa)

Restriktaasid tunnevad nukleotiidse järjestuse järgi spetsiifilise koha[2] ja lõikavad DNA kaksik heeliksit läbi mõlema ahela. Restriktaasi spetsiifiline ala on 4 kuni 8 nukleotiidi, mille järgi leiab see koha kust lõigata, kui võib juhtuda, et DNA järjestuses on palindroomne ala, mis vastab lämmastik alustele mõlemapidiselt.[16] DNA-l on kaks palindroomse järjestuse võimalust. “Peegelpalindroom” on sarnane tekstides kasutatavatele sõnadele, näiteks udu, mida võib lugeda mõlemat pidi, DNA järjestuses on need üheahelalise DNA puhul, näiteks GTAATG. “Pöördkorduv palindroom” on samuti järjestus, mis on identne mõlemat pidi lugedes, kuid sarnased järjestused esinevad “komplementaarsetes” DNA järjestustes. Näiteks kui järjestuse GTATAC komplementaarne ala on CATATG.[17] Pöördkorduvad palindroomid on laiemalt levinud ja omavad suuremat tähtsust kui peegelpalindroomid. Palindroomid võivad tekitada ahelates pundumisi, kus osa ahelast jääb U-kujuliselt üheahelaliseks.

EcoRI restriktaas jätab lõigates “kleepuvad” otsad:

EcoRI restriction enzyme recognition site.svg

SmaI restriktaas jätab lõigates “nüri” otsa:

SmaI restriction enzyme recognition site.svg

DNA järjestuse äratundmine varieerub erinevate restriktaaside vahel, lõigates tekivad eri pikkusega “kleepuvad” üleulatuvad osad. “Kleepuvad” üleulatuvad osad võivad olla nii peaahelal kui “komplementaarsel” ahelal.[18]

Ensüüme, mis seonduvad sama järjestuse järgi, kuid lõikavad erinevate nukleotiidide vahelt, nimetatakse neoschisomeerideks. Ensüüme, mis seonduvad sama järjestuse järgi ja ka lõikavad samade nukleotiidide vahelt, nimetatakse isoschisomeerideks.

Tüübid[muuda | redigeeri lähteteksti]

Restriktaasid on jaotatud nelja gruppi (I, II, III ja IV tüüpi) nende struktuuri ja ensüümi kofaktori, seondumise ja nende lõikamisviisi järgi.[19][20][21] Restriktsiooni ensüümid lõikavad nii, et tekiksid kindla järjestusega 5’ ja 3’ otsad.[22][23] Nad on jaotatud järgnevalt:

  • I tüüpi ensüümid (EC number|3.1.21.3) lõikavad seondumisalast eemalt. Vajavad funktsioneerimiseks nii ATP-d kui S-adenosüül-L-methioniini. Multifunktisonaalsed valgud restriktsiooni ja metülaasi (EC number|2.1.1.72) aktiivsusega.
  • II tüüpi ensüümid (EC number|3.1.21.4) lõikavad seondumisalal või mõne spetsiifilise nukleotiidi kauguselt seondumisalast. Enamik neist on sõltuvad magneesiumist. Ühefuntksionaalsed metülaasist sõltumatud.
  • III tüüpi ensüümid (EC number|3.1.21.5) lõikavad mõne spetsiifilise nukleotiidi kauguselt seondumisalast. ATP sõltuvad (kuid ei hüdrolüüsi seda). S-adenosüül-L-methioniin mõjutab reaktsiooni, kuid ei ole vajalik selle toimumiseks. Komplekseerunud muudetud metülaasiga (EC number|2.1.1.72).
  • IV Tüüpi ensüümid seonduvad metüleeritud DNA-ga. Need on bakteri viimase järgu kaitsemehhanismi ensüümid.

I Tüüp[muuda | redigeeri lähteteksti]

I tüüpi restriktaasid olid esimesed, mille omadusi uuriti ja iseloomustati. Need avastati “E. coli” bakterist.[24] I Tüüpi ensüümid lõikavad seondumisalast eemalt, mis varieerub erinevate ensüümide vahel ja on vähemalt 1000 aluspaari kaugusel seondumisalast. Lõikamine järgneb DNA translokatsioonile, mis tähendab, et need ensüümid on ka molekulaarmootorid. Äratundmisala on asümmeetriline, mis koosneb kahest spetsiifilise järjestusega nukleotiidide järjestusest – esimene ala koosneb 3–4 nukleotiidist, sellele järgneb ebaspetsiifiline 6–8 nukleotiidi pikkune ala ja teine 4–5 nukleotiidi pikkune spetsiifiline ala. Sellised ensümid on multifunktsionaalsed ning on võimelised nii restriktsiooniks kui modifitseerimiseks, sõltuvalt DNA metüleeritusest. Selleks, et ensüümid oleksid täielikult aktiivsed, on neil vaja kofaktoreid, S-Adenosüülmethioniini (AdoMet), hüdrolüüsitud adenosiintrifosfaati (ATP), ja magneesiumiooni (Mg2+). I Tüüpi restriktaasidel on 3 allüksust, HsdR, HsdM ja HsdS. HsdR on vajalik restriktsiooniks, HsdM on vajalik metüül rühma lisamiseks algsele DNA-le ja HsdS on vajalik DNA-ga seondumiseks.[19][24]

II Tüüp[muuda | redigeeri lähteteksti]

”Eco”RI restriktasi struktuur (roheline ja sinine ala). Ensüüm seondub DNA kaksikheeliksi (pruun ala) külge.[25] Ensüümi lõikamiskohale liitub kaks magnesiumi iooni (üks mõlemal monomeerile), mis tekitavad lünga DNA struktuuris.

Tavaline II tüüpi restriktaas erineb I tüüpi restriktaasist mitmel moel. Need on homodimeersed, mille seondumisalad on lahutamata palindroomid, mis on 4–8 nukleotiidi pikad. DNA-d lõikavad sama koha pealt, kuhu seonduvad ning ei vaja ATP-d ega AdoMet-i, kuid siiski vajavad Mg2+ iooni kofaktorina.[16] Selliseid ensüüme kasutatakse enim ja need on teaduslaborites laialt levinud. 1990-ndail ja 2000-ndate algusaastail leiti sellest ensüümide klassist uued ensüümid, mis ei vastanud täpselt eelpool mainitud tingimustele. Seetõttu lisati uued alamklassid, et jaotada see suur perekond alamklassidesse nende erinevuste põhjal II tüüpi restriktaasidest.[16] Sellised alamklassid defineeriti järelliitega.

IIB tüüpi restriktaasid (nt: BcGI ja BplI) on multimeerid, need koosnevad rohkem kui ühest allüksusest.[16] IIB Tüüpi restriktaasid lõikavad mõlemalt poolt seondumisala, sealjuures lõigates välja ka seondumisala. Vajavad AdoMet ja Mg2+ kofaktoreid. IIE tüüpi restriktaasid (nt: NaeI) kasutavad kahte seondumisala DNA-l, ühel neist toimub kaksikahela lõikamine, teist ala kasutatab ensüüm allosteeriliseks mõjutuseks,[16] mis kiirendab või muudab efektiivsemaks restriktaasi lõikamise. IIF tüüpi restriktaasid (nt: NgoMIV) seonduvad sarnaselt IIE tüüpi restriktaasidele, kuid lõikavad DNA järjestuse mõlemast seondumisalast.[16] IIG tüüpi restriktaasidel (nt: Eco57I) on sarnaselt II tüüpi restriktaasidele üks kofaktor, kuid vajavad lisaks kofaktor AdoMet-i, et olla aktiivsed.[16] IIM tüüpi restriktaasid (nt: DpnI) on võimelised äratundma ja lõikama metüleeritud DNA-d.[16] IIS tüüpi restriktaasid (nt: FokI) lõikavad DNA-d kindla nukleotiidse järjestuse kauguselt nende mitte-palindroomse asümmeetrilise seondumise alast.[16] Need ensüümid võivad töötada ka kui dimeerid. IIT tüüpi restriktaasid (nt: Bpu10I ja BslI) koosnevad kahest erinevast allüksusest. Osad seonduvad palindroomse järjestusega, teised asümmeetrilise järjestusega.[16]

III Tüüp[muuda | redigeeri lähteteksti]

III tüüpi restriktaasid (nt: EcoP15) tunnevad kahte erinevat mitte-palindroomset spetsiifilist ala. Ensüüm lõikab DNA-d 20–30 aluspaari kauguselt seondumisalast.[26] Neil ensüümidel on rohkem kui üks allüksust ja nad vajavad AdoMet ja ATP kofaktoreid DNA lõikamiseks ja metüleerimiseks.[27] Selliseid restriktaase kasutavad prokarüoodid selleks, et kaitsta end sissetungiva võõra DNA eest. III tüüpi restriktaasid on hetero-oligomeersed, multifunktsionaalsed valgud, mis koosnevad kahest allüksusest (Res ja Mod). Mod allüksus tunneb ära spetsiifilise DNA järjestuse ja on metüültransferaas. Res on vajalik lõikamiseks, kuigi sellel pole üksinda ensümaatilist võimet. Need restriktaasid tunnevad spetsiifilise DNA ahela ala 5–6 aluspaari järgi ning lõikavad 25–27 aluspaari kauguselt pärisuunas, jättes lühikese üheahelalise üleulatuva ala 5’ otsa. Selleks, et ensüüm lõikaks, on vaja kaht vastupidiselt orienteeritud mitte-metüleeritud seondumisala. Sellised ensüümid metüleerivad vaid ühte ahelat DNA-st, mis on N-6 positsioonis adenosüül jäägist, seega uuel replikeeritud DNA-l on ainult üks ahel metüleeritud, kuid see on piisav kaitsmaks seda uue restriktsioone eest.[28][29]

Tehislikud restriktaasid[muuda | redigeeri lähteteksti]

Tehislikke restriktaase valmistatakse ühendades looduslikke või tehislikke DNA seondumisalasid restriktaaside domeenidega (tihti kasutatakse IIS tüüpi restriktaasi, FokI, lõikamisdomeeni[30]) Sellised tehisretriktaasid suudavad seonduda suurte aladega (kuni 36 aluspaariga) ja on võimelised siduma soovitud DNA järjestusega.[31] Tsink sõrm restriktaasid on enim kasutatavad tehisrestriktaasid, mida kasutatakse geenitehnoloogias.[32][33][34][35]

Näited[muuda | redigeeri lähteteksti]

Näiteid restriktaasidest:[36]

Ensüüm Allikas Spetsiifiline järjestus Lõige
EcoRI Escherichia coli
5'GAATTC
3'CTTAAG
5'---G     AATTC---3'
3'---CTTAA     G---5'
EcoRII Escherichia coli
5'CCWGG
3'GGWCC
5'---     CCWGG---3'
3'---GGWCC     ---5'
BamHI Bacillus amyloliquefaciens
5'GGATCC
3'CCTAGG
5'---G     GATCC---3'
3'---CCTAG     G---5'
HindIII Haemophilus influenzae
5'AAGCTT
3'TTCGAA
5'---A     AGCTT---3'
3'---TTCGA     A---5'
TaqI Thermus aquaticus
5'TCGA
3'AGCT
5'---T   CGA---3'
3'---AGC   T---5'
NotI Nocardia otitidis
5'GCGGCCGC
3'CGCCGGCG
5'---GC   GGCCGC---3'
3'---CGCCGG   CG---5'
HinfI Haemophilus influenzae
5'GANTCA
3'CTNAGT
5'---G   ANTC---3'
3'---CTNA   G---5'
Sau3A Staphylococcus aureus
5'GATC
3'CTAG
5'---     GATC---3'
3'---CTAG     ---5'
PvuII* Proteus vulgaris
5'CAGCTG
3'GTCGAC
5'---CAG  CTG---3'
3'---GTC  GAC---5'
SmaI* Serratia marcescens
5'CCCGGG
3'GGGCCC
5'---CCC  GGG---3'
3'---GGG  CCC---5'
HaeIII* Haemophilus aegyptius
5'GGCC
3'CCGG
5'---GG  CC---3'
3'---CC  GG---5'
HgaI[37] Haemophilus gallinarum
5'GACGC
3'CTGCG
5'---NN  NN---3'
3'---NN  NN---5'
AluI* Arthrobacter luteus
5'AGCT
3'TCGA
5'---AG  CT---3'
3'---TC  GA---5'
EcoRV* Escherichia coli
5'GATATC
3'CTATAG
5'---GAT  ATC---3'
3'---CTA  TAG---5'
EcoP15I Escherichia coli
5'CAGCAGN25NN
3'GTCGTCN25NN
5'---CAGCAGN25NN   ---3'
3'---GTCGTCN25   NN---5'
KpnI[38] Klebsiella pneumoniae
5'GGTACC
3'CCATGG
5'---GGTAC  C---3'
3'---C  CATGG---5'
PstI[38] Providencia stuartii
5'CTGCAG
3'GACGTC
5'---CTGCA  G---3'
3'---G  ACGTC---5'
SacI[38] Streptomyces achromogenes
5'GAGCTC
3'CTCGAG
5'---GAGCT  C---3'
3'---C  TCGAG---5'
SalI[38] Streptomyces albus
5'GTCGAC
3'CAGCTG
5'---G  TCGAC---3'
3'---CAGCT  G---5'
ScaI[38] Streptomyces caespitosus
5'AGTACT
3'TCATGA
5'---AGT  ACT---3'
3'---TCA  TGA---5'
SpeI Sphaerotilus natans
5'ACTAGT
3'TGATCA
5'---A  CTAGT---3'
3'---TGATC  A---5'
SphI[38] Streptomyces phaeochromogenes
5'GCATGC
3'CGTACG
5'---GCATG  C---3'
3'---C  GTACG---5'
StuI[39][40] Streptomyces tubercidicus
5'AGGCCT
3'TCCGGA
5'---AGG  CCT---3'
3'---TCC  GGA---5'
XbaI[38] Xanthomonas badrii
5'TCTAGA
3'AGATCT
5'---T  CTAGA---3'
3'---AGATC  T---5'

Vasted:
* = Tömp ots
N = C või G või T või A
W = A või T

Vaata ka[muuda | redigeeri lähteteksti]

Viited[muuda | redigeeri lähteteksti]

  1. Roberts RJ; Murray, Kenneth (November 1976). "Restriction endonucleases". CRC Crit. Rev. Biochem. 4 (2): 123–64. doi:10.3109/10409237609105456. PMID 795607. 
  2. 2,0 2,1 Kessler C, Manta V (August 1990). "Specificity of restriction endonucleases and DNA modification methyltransferases a review (Edition 3)". Gene 92 (1–2): 1–248. doi:10.1016/0378-1119(90)90486-B. PMID 2172084. 
  3. Pingoud A, Alves J, Geiger R (1993). "Chapter 8: Restriction Enzymes". teoses Burrell, Michael. Enzymes of Molecular Biology. Methods of Molecular Biology 16. Totowa, NJ: Humana Press. pp. 107–200. ISBN 0-89603-234-5. 
  4. Arber W, Linn S (1969). "DNA modification and restriction". Annu. Rev. Biochem. 38: 467–500. doi:10.1146/annurev.bi.38.070169.002343. PMID 4897066. 
  5. Krüger DH, Bickle TA (September 1983). "Bacteriophage survival: multiple mechanisms for avoiding the deoxyribonucleic acid restriction systems of their hosts". Microbiol. Rev. 47 (3): 345–60. PMC 281580. PMID 6314109. 
  6. Molecular Biology of THE CELL fifth edition (2008). B.Alberts, A.Johnson, J.Lewis, M.Raff, K.Roberts, P.Walter. New York Garland Science. lk 532-555
  7. Roberts RJ, Vincze T, Posfai J, Macelis D. (2007). "REBASE—enzymes and genes for DNA restriction and modification". Nucleic Acids Res 35 (Database issue): D269–70. doi:10.1093/nar/gkl891. PMC 1899104. PMID 17202163. 
  8. Primrose, Sandy B.; Old, R. W. (1994). Principles of gene manipulation: an introduction to genetic engineering. Oxford: Blackwell Scientific. ISBN 0-632-03712-1. 
  9. Micklos, David A.; Bloom, Mark V.; Freyer, Greg A. (1996). Laboratory DNA science: an introduction to recombinant DNA techniques and methods of genome analysis. Menlo Park, Calif: Benjamin/Cummings Pub. Co. ISBN 0-8053-3040-2. 
  10. Adrianne Massey; Helen Kreuzer (2001). Recombinant DNA and Biotechnology: A Guide for Students. Washington, D.C: ASM Press. ISBN 1-55581-176-0. 
  11. Hamilton O. Smith, K. W. Welcox (juuli 1970). "A Restriction enzyme from Hemophilus influenzae ☆: I. Purification and general properties". Journal of Molecular Biology 51 (2): 379–391. doi:10.1016/0022-2836(70)90149-X. 
  12. Roberts RJ (April 2005). "How restriction enzymes became the workhorses of molecular biology". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (17): 5905–8. Bibcode:2005PNAS..102.5905R. doi:10.1073/pnas.0500923102. PMC 1087929. PMID 15840723. 
  13. Danna K, Nathans D (December 1971). "Specific Cleavage of Simian Virus 40 DNA by Restriction Endonuclease of Hemophilus Influenzae". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 68 (12): 2913–7. Bibcode:1971PNAS...68.2913D. doi:10.1073/pnas.68.12.2913. PMC 389558. PMID 4332003. 
  14. "The Nobel Prize in Physiology or Medicine". The Nobel Foundation. 1978. Vaadatud 2008-06-07. "for the discovery of restriction enzymes and their application to problems of molecular genetics" 
  15. Villa-Komaroff L, Efstratiadis A, Broome S, Lomedico P, Tizard R, Naber SP, Chick WL, Gilbert W. (August 1978). "A bacterial clone synthesizing proinsulin". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75 (8): 3727–31. Bibcode:1978PNAS...75.3727V. doi:10.1073/pnas.75.8.3727. PMC 392859. PMID 358198. 
  16. 16,0 16,1 16,2 16,3 16,4 16,5 16,6 16,7 16,8 16,9 Pingoud A, Jeltsch A (September 2001). "Structure and function of type II restriction endonucleases". Nucleic Acids Res. 29 (18): 3705–27. doi:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805. 
  17. Molecular Biology: Understanding the Genetic Revolution, by David P. Clark. Elsevier Academic Press, 2005. ISBN 0-12-175551-7.
  18. Goodsell DS (2002). "The molecular perspective: restriction endonucleases". Stem Cells 20 (2): 190–1. doi:10.1634/stemcells.20-2-190. PMID 11897876.  [katkine viide]
  19. 19,0 19,1 Bickle TA, Krüger DH (June 1993). "Biology of DNA restriction". Microbiol. Rev. 57 (2): 434–50. PMC 372918. PMID 8336674. 
  20. Boyer HW (1971). "DNA restriction and modification mechanisms in bacteria". Annu. Rev. Microbiol. 25: 153–76. doi:10.1146/annurev.mi.25.100171.001101. PMID 4949033. 
  21. Yuan R (1981). "Structure and mechanism of multifunctional restriction endonucleases". Annu. Rev. Biochem. 50: 285–319. doi:10.1146/annurev.bi.50.070181.001441. PMID 6267988. 
  22. Rao DN, Sistla S (2004). "S-Adenosyl-L-methionine-dependent restriction enzymes". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 39 (1): 1–19. doi:10.1080/10409230490440532. PMID 15121719. 
  23. Williams RJ (2003). "Restriction endonucleases: classification, properties, and applications". Mol. Biotechnol. 23 (3): 225–43. PMID 12665693. 
  24. 24,0 24,1 Murray NE (June 2000). "Type I Restriction Systems: Sophisticated Molecular Machines (a Legacy of Bertani and Weigle)". Microbiol. Mol. Biol. Rev. 64 (2): 412–34. doi:10.1128/MMBR.64.2.412-434.2000. PMC 98998. PMID 10839821. 
  25. Mall:PDB Gigorescu A, Morvath M, Wilkosz PA, Chandrasekhar K, Rosenberg JM (2004). "The integration of recognition and cleavage: X-ray structures of pre-transition state complex, post-reactive complex, and the DNA-free endonuclease". teoses Alfred M. Pingoud. Restriction Endonucleases (Nucleic Acids and Molecular Biology, Volume 14). Berlin: Springer. pp. 137–178. ISBN 3-540-20502-0. 
  26. Dryden DT, Murray NE, Rao DN (September 2001). "Nucleoside triphosphate-dependent restriction enzymes". Nucleic Acids Res. 29 (18): 3728–41. doi:10.1093/nar/29.18.3728. PMC 55918. PMID 11557806. 
  27. Meisel A, Bickle TA, Krüger DH, Schroeder C (January 1992). "Type III restriction enzymes need two inversely oriented recognition sites for DNA cleavage". Nature 355 (6359): 467–9. Bibcode:1992Natur.355..467M. doi:10.1038/355467a0. PMID 1734285. 
  28. Sistla S, Rao DN (2004). "S-Adenosyl-L-methionine-dependent restriction enzymes". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 39 (1): 1–19. doi:10.1080/10409230490440532. PMID 15121719. 
  29. Bourniquel AA, Bickle TA (November 2002). "Complex restriction enzymes: NTP-driven molecular motors". Biochimie 84 (11): 1047–59. doi:10.1016/S0300-9084(02)00020-2. PMID 12595133. 
  30. Kim YG, Cha J, Chandrasegaran S (February 1996). "Hybrid restriction enzymes: zinc finger fusions to Fok I cleavage domain". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93 (3): 1156–60. Bibcode:1996PNAS...93.1156K. doi:10.1073/pnas.93.3.1156. PMC 40048. PMID 8577732. 
  31. Urnov FD, Rebar EJ, Holmes MC, Zhang HS, Gregory PD (September 2010). "Genome editing with engineered zinc finger nucleases". Nat. Rev. Genet. 11 (9): 636–46. doi:10.1038/nrg2842. PMID 20717154. 
  32. Townsend JA, Wright DA, Winfrey RJ, Fu F, Maeder ML, Joung JK, Voytas DF (May 2009). "High frequency modification of plant genes using engineered zinc finger nucleases". Nature 459 (7245): 442–5. Bibcode:2009Natur.459..442T. doi:10.1038/nature07845. PMC 2743854. PMID 19404258. 
  33. Shukla VK, Doyon Y, Miller JC, DeKelver RC, Moehle EA, Worden SE, Mitchell JC, Arnold NL, Gopalan S, Meng X, Choi VM, Rock JM, Wu YY, Katibah GE, Zhifang G, McCaskill D, Simpson MA, Blakeslee B, Greenwalt SA, Butler HJ, Hinkley SJ, Zhang L, Rebar EJ, Gregory PD, Urnov FD (May 2009). "Precise genome modification in the crop species Zea mays using zinc-finger nucleases". Nature 459 (7245): 437–41. Bibcode:2009Natur.459..437S. doi:10.1038/nature07992. PMID 19404259. 
  34. Ekker SC (2008). "Zinc Finger–Based Knockout Punches for Zebrafish Genes". Zebrafish 5 (2): 121–3. doi:10.1089/zeb.2008.9988. PMC 2849655. PMID 18554175. 
  35. Geurts AM, Cost GJ, Freyvert Y, Zeitler B, Miller JC, Choi VM, Jenkins SS, Wood A, Cui X, Meng X, Vincent A, Lam S, Michalkiewicz M, Schilling R, Foeckler J, Kalloway S, Weiler H, Ménoret S, Anegon I, Davis GD, Zhang L, Rebar EJ, Gregory PD, Urnov FD, Jacob HJ, Buelow R (July 2009). "Knockout Rats Produced Using Designed Zinc Finger Nucleases". Science 325 (5939): 433. Bibcode:2009Sci...325..433G. doi:10.1126/science.1172447. PMC 2831805. PMID 19628861. 
  36. Roberts RJ (January 1980). "Restriction and modification enzymes and their recognition sequences". Nucleic Acids Res. 8 (1): r63–r80. doi:10.1093/nar/8.1.197-d. PMC 327257. PMID 6243774. 
  37. R.J Roberts, 1988, Nucl Acids Res. 16(suppl):271 From p.213 Molecular Cell Biology 4th Edition by Lodish, Berk, Zipursky, Matsudaira, Baltimore and Darnell.
  38. 38,0 38,1 38,2 38,3 38,4 38,5 38,6 Monty Krieger; Matthew P Scott; Matsudaira, Paul T.; Lodish, Harvey F.; Darnell, James E.; Lawrence Zipursky; Kaiser, Chris; Arnold Berk (2004). Molecular Cell Biology (väljaanne 5th ). New York: W.H. Freeman and Company. ISBN 0-7167-4366-3. 
  39. "Stu I from Streptomyces tubercidicus". Sigma-Aldrich. Vaadatud 2008-06-07. 
  40. Shimotsu H, Takahashi H, Saito H (November 1980). "A new site-specific endonuclease StuI from Streptomyces tubercidicus". Gene 11 (3–4): 219–25. doi:10.1016/0378-1119(80)90062-1. PMID 6260571.