Arutelu:Domeen (bioloogia)

Minu meelest võiks illustratsioon olla pisut suurem, et kiri oleks ilma kliikmata loetav. Andres 14. aprill 2006, kell 05.37 (UTC)

Põhimõtteliselt on see artikkel vist valmis. Mul ei tule küll hetkel midagi pähe, mida lisada.Yersinia 14. aprill 2006, kell 17.35 (UTC)

16s subühikute uurimisega

Mida see tähendab? Siin peaksid vähemalt olema lingid ariklitele, kust leiab selgituse. Andres 14. aprill 2006, kell 19.03 (UTC)

Jah, eestikeelses vikis vist veel hetkel ei ole vastavat artiklit aga ma panen selle niipea kui võimalik üles RNA ja sellega seonduvatesse artiklitesse. Yersinia

Arvan, et peaks alguses ütlema, et tegu on organismide klassifikatsiooniga, sest "elusloodus" on pisut ebamäärane. Kas elusorganism on sama, mis organism? Kas peaks lisama ka märkuse, et viirused jms nähtused ei kuulu organismide hulka ning nende jaoks on olemas eraldi klassifikatsioonid? Andres 14. aprill 2006, kell 19.11 (UTC)

Jah tegelikult küll. Asjalood on aga veelgu huvitavamad, kuna hiljuti on avastatud organism, kes oleks üldiselt nagu viirus aga tal on paljusid viirustele erakordseid omadusi nagu näiteks on ta võimeline iseseisvaks valgusünteesiks ja paljunemiseks ja selle uue avastuse valguses on kaalutud elu puule uue domeeni lisamist. Tegelase nimi on Mimivirus. Ka selle võiks kirja panna. Oleks see mõistlik? Yersinia

Kirjutasin viiruste osa juurde. Aga mul tekkis seejuures küsimus et ksa see liiga pikale ei läinud? Põhjused, miks viiruseid klassifitseerida ei osata ei puutu ju otseselt teemasse "domeen"?Yersinia 15. aprill 2006, kell 01.35 (UTC)

Minu meelest ei ole liiga pikale läinud, küll aga võiks selle teema panna eraldi alapealkirja alla ning vajaduse korral panna alapealkirja alla link artiklile, kus teemat põhjalikumalt käsitletakse. Seoses selle osaga tekkis niisugune küsimus. Kui viirused ei ole elusorganismid, siis on loomulik, et organismide klasifikatsioon neid ei hõlma. Ja kui elusloodus, koosneb elusorganismidest, siis ei tohiks ka see hõlmata viirusi, või kuidas? Andres 15. aprill 2006, kell 07.35 (UTC)

Oleks see vaid nii lihtne. :-) Viiruste kuuluvus on kõike muud kui selge ning kiputakse neile omistama dualistlikku iseloomu - viirusosake on justkui elutu aga rakus parasiteeriv viirus justkui elus. Kirjanduses tihtipeale paigutatakse viirused aga ikkagi eluslooduse alla lisades muidugi, et nened süstemaatiline kuuluvus on ebaselge. Loomulikult on ka vastupidiseid arvamusi. Ja see piir mis justkui lahutaks lihtsamaid eluvorme ja keerukaid molekulikomplekse on üliõrn ja kõigub suurel määral olenevalt klassifitseerijast. Jällegi on see selline koht kus ühtest kokkulepet pole (nagu tegelikult väga paljude asjadega teaduses, suurem osa asju on lahtised ja pidevas muutumises) Yersinia 15. aprill 2006, kell 08.28 (UTC)

Siis on kindlasti vajalik neid asju artiklis tematiseerida. Tuleks siis kirjutada, et viiruste (ja võib-olla veel millegi/kellegi puhul) on vaieldav, kas tegu on organismidega ning kas nad tuleks lülitada domeenide süsteemi jne. miks on vaieldav, sellest võib pikemalt rääkida juba artiklites Organism, Viirused ja või-olla Elusloodus ja Elu. Andres 15. aprill 2006, kell 12.25 (UTC)

Sa jõudsid minust ette. Muidugi oleks siin kohane mimiviirust (võib vist nii kirjutada?) mainida. Põhjalikumalt tuleks kirjutada sellest muidugi eraldi artiklis.

Edasi see, mis ma enne kirjutasin: Andres 14. aprill 2006, kell 19.24 (UTC)

Arvan, et peaks alguses ütlema, et tegu on organismide klassifikatsiooniga, sest "elusloodus" on pisut ebamäärane. Kas elusorganism on sama, mis organism? Kas peaks lisama ka märkuse, et viirused jms nähtused ei kuulu organismide hulka ning nende jaoks on olemas eraldi klassifikatsioonid? Andres 14. aprill 2006, kell 19.11 (UTC)

Selle "eluslooduse" ja "elusorganismide" koha pealt ei ole ma üldse kindel. Elusloodus koosnebki ju elusorganismidest? Ja bioloogia-alases kirjanduses on domineeriv ka väljend "eluslooduse suurjaotused" kui räägitakse domeenist või riigist või muust kõrgest üksusest. Aga oma häbiks pean tõepoolest tunnistama, et eestikeelse lihtsa väljendusoskuse koha pealt ei ole ma tõepoolest eriti tugev, suurem osa kirjandust millega ma töötan on niikuinii inglisekeelne või siis väga spetsiifiline ja oma hirmuks olen viimasel ajal adunud, et selgelt ja arusaadavalt kirjutada on natuke raske. Aga loodan, et see paraneb.

Eks see ole meil kõigil raske, aga püüame üksteist aidata. Andres 15. aprill 2006, kell 17.27 (UTC)

Kusjuures küsimus on pigem filosoofilist laadi - kas klassifitseerida püütakse elusolendeid või elusloodust. Kõrgemate taksonite puhul tundub mulle et püütakse klassifitseerida ikkagi loodust - "see on elu bakteriaalne osa, see on päristuumne jne." nagu püütakse teha ka eluta looduse puhul - "need on kivid, see on vesi jne."

Asi on selles, et kui öelda "eluslooduse" klassifikatsioon, siis pole minu meelest üheselt arusaadav, mida klassifitseeritakse. Näiteks võiks ju klassifitseerida ka rakke või organismide kooslusi. Andres 15. aprill 2006, kell 07.14 (UTC)

Seda nüüd küll, jah. Aga samas on ju ka need teised klassifikatsioonid eluslooduse klassifikatsioonid. Ma ei tea kas täpsustus on vajalik kui jutt käib niikuinii taksonoomilisest üksusest - taksonoomia tegelebki ju organismide klassifitseerimisega. Põhiline probleem on muidugi selles et termin "eluslooduse suurjaotus" on vähemalt bioloogide seas levinud aga "elusorganismide suurjaotus" tundub kuidagi võõras (ei siin ei ole mingeid normatiive, jumala eest, aga lihtsalt tunne on selline). Aga asi võib olla ka selles et mul on väga raske panna end mittebioloogi rolli ja seetõttu võivad mulle tunduda iseenesestmõistetavad mõned asjad, mis seda tegelikult pole, nii et ettepanek võib olla tegelikult vägagi asjakohane. Aga semantiliselt on "elusorganismide suurjaotus" täpsem küll.

Väljendit "eluslooduse suurjaotus" võib muidugi kasutada, aga siis tuleb linkida terve väljend, muidu pole võhikul võimalik täpselt aru saada, et jutt on organismide klassifikatsioonist. Andres 15. aprill 2006, kell 12.13 (UTC)

Praegu on esimeses lauses öeldud nii: eluslooduse suurjaotus, kõrgeim taksonoomiline üksus. Link lähen "taksonoomilisele üksusele". Kas ma saan õigesti aru, et taksonoomiline üksus on näiteks domeen, takson on näiteks bakterid? "Eluslooduse suurjaotus" tähendab sel juhul sama mis kõrgeim taksonoomiline üksus, või kuidas? Arvan, et selgitavam on viimane sõnastus ning see peaks olema esikohal, teise võiks ehk ära jätta siis või siis panna teisele kohale ja kindlasti linkida. Probleemiks on veel see, et domeen on kõrgeim taksonoomiline üksus praegu valdavalt kasutatavas taksonoomiasüsteemis, kuid "domeen" ei tähenda sama mis "kõrgeim taksonoomiline üksus". Seetõttu tulekski vist kirjutada, et tegu on kõrgeima taksonoomilise üksusega praegu valdavalt kasutatavas taksonoomilises süsteemis. Võib-olla on sellel ka oma nimi (kolme domeeni süsteem?). Andres 15. aprill 2006, kell 12.25 (UTC)

Domeen, riik, hõimkond jne. on "taksonoomiline ühik" või "taksonoomiline üksus" (mõlemat terminit kasutatakse läbisegi, tähendus on sama, aga mulle hetkel tundub tegelikult et "ühik" on parem sõna, täpsemini mõistetav), mõlema kohta saab öelda ka "taksonoomiline järk" (kui on vaja rõhutada nende hierarhilist kuuluvust). Taksoni definitsioon on aga "organismirühmitus", nii et tõesti on õigem öelda bakterite või näiteks imetajate kohta "takson" või veel täpsem "taksoni nimetus". (sest tihtipeale kasutatakse ka mõistet "takson" "taksonoomilise ühiku" tähenduses). Jällegi on siin segadus kuna: "imetajad" on taksoni nimetus, "klass" on aga taksonoomiline ühik. Mõistet "takson" aga võib kasutada nende mõlema kohta.

ENE 1. väljaandes on eristatud ühelt poolt süstemaatika (süstemaatilisi) ehk taksonoomilisi kategooriaid ehk üksusi ja teiselt poolt taksoneid kui ühte süstemaatika kategooriasse kuuluvate organismide (populatsioonide) rühma. Inglise vikipeedia artiklis en:Taxon) on taksonit kui elusolendite rühma nimetatud ka taksonoomiliseks üksuseks, kuid näiteks klass on seal taksoni järk. Ka saksa vikipeedias on klass jne järgud.

Kui sõna "imetajad" on kasutatud jutumärkides, siis on jutt taksoni nimetusest, kui ilma jutumärkideta, siis taksonist enesest. Arvan, et "taksonoomiline kategooria" ja "taksoni järk" on üheselt mõistetavad väljendid. Üksusest ja (vähemal määral) ühikust, samuti taksonist võidakse rääkida mõlemas tähenduses (kuigi see pole korrektne). Artiklis "takson" tuleks selgitada mõistetevahelist erinevust linkida teiste mõistete juurde ning mainida, et vahel kasutatakse seda sõna ka teises tähenduses. Ma panen ette kasutada siin väljendit "taksonoomiline kategooria". Andres 15. aprill 2006, kell 19.03 (UTC)

Kas oleks selline esimene lause mõistlik: "Domeen on bioloogias kõrgeim taksonoomiline ühik (organismide klassifitseerimise ühik?), üks eluslooduse suurjaotusi." ?

Nagu eespool öeldud, oleks võib-olla kindlam kasutada väljendit "taksonoomiline kategooria" ning sellele linkida. Sulgudes olevat poleks siis vaja, lingitud artikkel seletaks asja lahti.

Õigupoolest on taksonoomilised üksused või ühikud kasutusel ka mujal, näiteks mullateaduses. Andres 15. aprill 2006, kell 19.03 (UTC)

Jah, see, et tegu on hetkel kasutatavas süsteemis kõrgeim ühik, peaks tõesti ära mainima. "kolme domeeni süsteem" on hetkel valdavalt kasutusel, "kahe domeeni" ja "viie riigi" süsteemid on vanemad või alternatiivselt vähemkasutatavad. Aga olenemata süstemist on domeen ikkagi kõrgem ühik kui riik (isegi siis kui domeeni mõistet süsteemis ei kasutata) ja ma arvan, et kõrgeimaks ühikuks see jääbki, mõiste sisu võib muutuda aga ma usun et mõiste hierarhiline kuuluvus mitte nii et põhimõtteliselt võib domeeni ka vaadelda kui "kõrgeimat taksonit" üleüldse. Yersinia 15. aprill 2006, kell 17.51 (UTC)

Tegelikult ei olegi asi kolme domeeni süsteemis, sest neljanda domeeni lisamisel jääksid järgud ikkagi samaks. Aga oluline on märkida, et praegu valdavalt kasutatavas süsteemis (seda tuleb ikkagi kuidagi nimetada, võib-olla siis ikkagi kolme domeeni süsteemiks) on domeen kõrgeim järk. Domeeni mõiste on alles hiljuti kasutusele võetud, nii et varem ei olnud domeen kõrgeim järk. Ja teiselt poolt, on ju põhimõtteliselt võimalik, et kunagi võetakse kasutusele veel kõrgem taksonoomiline kategooria või siis loobutakse domeeni mõistest. Andres 15. aprill 2006, kell 19.03 (UTC)

Igapäevaselt on organism küll sama mis elusorganism aga olen kohanud seda ka muudes tähendustes - keerukate organisatsioonide iseloomustamiseks või keerukate informaatiliste üksuste nimetamisel. Ma ei ütle et sellised kasutused küll levinud oleks aga elusorganism on minu meelest lihtsalt täpsem ja aitab ära hoida vääritimõistmisi.Yersinia 14. aprill 2006, kell 23.59 (UTC)

Paljusid sõnu kasutatakse mitmes tähenduses, aga sageli on võimalik vaieldamatult öelda, milline tähendus on põhiline. Seetõttu arvan, et artikli pealkiri peaks olema Organism. Kui on tarvis artiklit mõne teise organismimmõiste kohta, siis tulevad artiklid teistsuguse pealkirjaga, näiteks "Organism (informaatika)". Sõnade tähendusi saab loetleda vikisõnaraamatus. Kui kasutatakse sõna "elusorganism", siis tuleks kirjutada "elusorganism". Andres 15. aprill 2006, kell 07.14 (UTC)

Ah nii, ma ei saanud algul aru mida Sa täpselt mõtlesid. Loomulikult on nii parem.Yersinia 15. aprill 2006, kell 08.28 (UTC)

Vaata näiteks inglise viki artiklit en:Three-domain system. Seal on pisut täiendavat materjali (mainitakse ka mimiviirusi, mida on tahetud paigutada neljanda domeeni alla). Võib-olla ka võiks originaalartiklit detailsemalt refereerida. Samuti peaks mõtlema, kuhu paigutada ülevaade kõrgeima taksonoomilise üksuse ajaloost (riikide süsteem, kahe kõrgeima taksoni süsteem, kolme domeeni süsteem). Võiks ka vaadelda üksuste nimede muutumist ja variante. Seda kõike ei pea muidugi kohe tegema, aga võimalusi artikli täiendamiseks kindlasti on. Andres 14. aprill 2006, kell 19.24 (UTC)

Aitäh. Ma ei tea, miks ise selle peale ei tulnud. Loomulikult on infot veel. Tegelen asjaga. Yersinia 14. aprill 2006, kell 23.59 (UTC)

Süsteemi kujunemise ajalugu võiks tegelikult olla artikli all nt. "eluslooduse (või elusorganimide) suurjaotused." Sest materjali eluslooduse klassifitseerimise ajaloost on väga palju (alates Aristotelesest kuni tänapäeva molekulaargeneetiliste meetoditeni) et siin kõidest sellest kirjutamine teeks artikli väga laialivalguvaks. Yersinia 15. aprill 2006, kell 00.01 (UTC)

Pealkiri võib küll olla Eluslooduse suurjaotused. Andres 15. aprill 2006, kell 07.14 (UTC)

Lisaks võiks olla seesama "elu puu" linkidena välja kirjutatud kujul

--Boy 14. aprill 2006, kell 19.15 (UTC)

Mõte on hea, aga kas "domeeni" artikkel on selle jaoks kõige parem koht? Võiks siis olla juba eraldi artikkel "Elu puu" või fülogenees või muu sarnane. Yersinia 15. aprill 2006, kell 00.01 (UTC)

Jah, võib-olla võiks omaette artikli pealkiri ollagi Elu puu. Andres 15. aprill 2006, kell 07.35 (UTC)

Mulle tundub, et kuigi artikkel RNA annab ülevaade kõigest RNA-sse puutuvast, võiks ikkagi olla ka artikkel rRna ja kas või lühikesed artiklid, mis selgitaksid, mis tähendab "16s" ja "subühik". Minu meelest on pikkadest artiklitest neid asju tülikas otsida, ja üldse, iga mõiste kohta peaks minu meelest olema märksõna (artikkel). Andres 15. aprill 2006, kell 07.38 (UTC)

Jah, jälle õige. Aga hetkel ei anna RNA artikkel küll väga täpset ülevaadet kõigest RNAsse puutuvast, suurem osa asju on puudu. Ja need subühikute ja sadestusgradientide värgid peab niikuinii ka ribosoomi artiklisse sisse panema. See 16s peaks siis viitama ribosoomi subühikule või rRNA subühikule ja seal peaks omakorda olema ka link Svedbergi ühikule" (bioloogiliste molekulkomplekside raskusväljas liikumise suhteline kiirus, sealt see number 16) Sain ma õigesti aru? Samas artikkel ribosoom ja RNA annaks laiema ülevaate. RNA eri tüüpide kohta on artiklid täitsa plaanis, aga kas ma siis neist mujal kirjutades lingin sinna kohe või alles siis kui need valmis on (paratamatult läheb sellega veidi aega) ja suunan praegu hetkel üldartiklisse RNA? Yersinia 15. aprill 2006, kell 08.28 (UTC)

Minu meelest on alati parem linkida kitsama sisuga artiklitele. Väga lihtne on vastavad märksõnad hiljem ümber suunata, muuta linke üldisemalt komkreetsemale on keerulisem.

Subühikutest ja sadestusgradientidest ma ei tea midagi, nii et jätan asja Sinu otsustada. Tahaks ainult, et lingid oleksid võimalikult konkreetsed. Andres 15. aprill 2006, kell 12.13 (UTC)

Tegelikult mõtlesin ma seda, et kui ma kirjutan nt rRNA siis kuhu ma tale lingi loon? Kas RNA artiklisse, mis on hetkel olemas ja seda teemat natukenegi puudutatakse või kitsamale artiklile rRNA mida hetkel veel pole? Yersinia 15. aprill 2006, kell 16.28 (UTC)

Mina soovitaksin linkida kitsamale artiklile. (Praegune tarkvara ei võimalda artikli pealkirja õigesti näidata, aga selle pärast ei jää artikkel kirjutamata). Andres 15. aprill 2006, kell 17.27 (UTC)

Arvan, et "takson" ja "taksonoomiline kategooria" peaksid olema eraldi artiklid, sest jutt oleks seal eri mõistetest. Takson on rühm, taksonoomiline kategooria on rühma hierarhiline järk. Andres 15. aprill 2006, kell 19.34 (UTC)

Kas poleks lihtsam kui üks artikkel seletaks nende kahe mõiste erinevused ära? Siis oleks ka võrdlusmoment olemas. Neid mõisteid kasutatakse pahatihti sünonüümidena ja eraldi artiklites võib mõistete erinevus jääda ebaselgeks?

Mina jälle mõtlen, et just sellepärast peaksid nad olema eraldi artiklid, et nad on eraldi mõisted. Kui kummalegi eraldi viidata, siis on selge, millest parasjagu jutt on. Kummastki artiklist võib ju mingi osa pühendada nende erinevuse selgitamisele. Tuleb ära tuua ka sünonüümid ning ebakorrektne kasutus sünonüümidena. Andres 15. aprill 2006, kell 20.12 (UTC)