Kasutaja arutelu:VSidorenko/Mutatsioonimäär

Aitäh, oled saatnud oma artikli! Artikkel on juba praegu piisavalt pikk (üle 8000 tähemärgi) ja viiteid on ohtralt. Siin on aga mõningad punktid, kus saaks artiklit veel natuke paremaks teha. Mõningad üldised kommentaarid:

• Enne sisukorda peaks olema artikli algus, kus asub mõiste definitsioon ja lühike tutvustus teemasse.
• Tekstisisene viide järgneb kohe punktile, selle ees pole tühikut, nt uurimuse teemaks. [2] – õige: uurimuse teemaks.[2]
• Pikki ja lohisevaid lauseid võiks julgemalt lõhkuda mitmeks väiksemaks lauseks. Loetavus paraneks ja oleks ka vähem kirjavigu.
• Siin-seal on tunda otsetõlkeid inglise keelest, võiks teksti üle lugeda ja üritada kasutada eesti keele vasteid.
• Ka esineb käänete vigu, mida saab samuti teksti lugedes üles leida ja parandada.
• Peatükis „Mutatsiooniline spekter“ pole ühtegi viidet, vähemalt ühe võiks sinna panna.

PS Märkusi tundub küll palju, kuid tegelikult on suurem osa neist korduvad vead ja parandamine peaks minema kiiresti. Käänded tuleb korrigeerida ja laused selgemalt lahti kirjutada. Õigekirja märkusi:

* Iga määra jaoks on mitmeid erinevaid aja looduslikuid ühikuid – looduslikke ajaühikuid
* Ülemine ja alumine piir, mille ulatuses mutatsioonimäär võib areneda, on antud uurimise objektiks. – sellist tegevust kirjeldavat lauset ei peaks artiklis olema
* Evolutsiooni mehhanismide arusaamine nõuab informatsiooni uute mutatsioonide tekketaseme ning nende mõjust molekulaarsele ja fenotüübilisele tasemele -- Evolutsiooni mehhanismidest arusaamine nõuab informatsiooni uute mutatsioonide tekketasemest ning nende mõjust molekulaarsele ja fenotüübilisele tasemele. – käändeid tuleb korrigeerida
* surub mutatsioonimäära madalamale tasemele kasutades pigem -- surub mutatsioonimäära madalamale tasemele, kasutades pigem
* Erinevate organismide spontaansete mutatsioonide andmetega on üldised mustrid tekkinud mutatsioonimäära skaleerimiseks genoomi suurusega ning tõenäoliste mehhanismidele, mis seda mustrit kasutavad – see lause on väga kehvasti loetav, parem oleks teha veel osalauseid või mitu erinevat lauset.
* Erinevaid geenivariante liigi piires nimetatakse alleelideks ja nii öeldakse, et uus mutatsioon tekitab uues alleelis. – tekib uues alleelis; või mõeldud midagi muud?
* Koefitsent – koefitsient
* või null (oodatud muutusi pole) – olla null
* Loodusliku valiku tulemusena ebasoodsaid mutatsioone kõrvaldatakse populatsioonist – ebasoodsad mutatsioonid kaovad populatsioonist
* Kuigi selle leviku mõõtmised on minevikus olnud vastuolulised, ollakse nüüd arvamusel, et suurem osa mutatsioonidest on kergelt kahjulikud. Arvatakse, et paljud mutatsioonid mõjutavad organismi kohanemist vähesel määral ning mõned neist on isegi kasulikud – need kaks lauset tekitavad lugedes veidi segadust, kas pigem peetakse mutatsiooni kahjulikeks või kasulikeks; ehk saab mõtet veidi selgemalt lahti kirjutada
* Meetodid, mida kasutatakse mutatsioonimäära taseme arvutamiseks, põhinevad – Mutatsioonimäära taseme arvutamise meetodid põhinevad ..
* Paljud saidid organismi genoomis ei pruugi tunnustada mutatsioone suure kohanemise mõjuga – tunnistada mutatsioone, mille on suur kohanemismõju. Või on siin  midagi mõeldud?
* Fikseeritud sünonüümsed mutatsioonid, nagu sünonüümsed asendused – ei ole koma, „nagu“ on siin võrdlusena
* Neid kasutatakse tihti mutatsioonimäära hinnangul hoolimata asjaolust, -- hindamiseks?
* Mutatsiooni akkumuleerumisliinid – akumuleerumisliinid
* Mutatsiooni akumuleerumise liine on kasutatud kirjeldamaks mutatsioonimäära Bateman-Mukai meetodiga soolebakterite, ümarusside, pärmide, kärbeste ja väikeste aastaste taimede otsese sekveneerimisega. – selle lause lõpp tuleb korrigeerida, mida on tahetud öelda? 
* saab kasutada kahe liigi divergeerumisaja hinnangul – hindamiseks
* kuid prognoosi täpsus kõikus suurusjärgus või rohkemgi. – kõikus märkimisväärselt; või on see oluline detail?
* Üldiselt on ainurakse eukarüoodi ja bakterite mutatsioonimäär ligikaudselt 0.003 mutatsiooni genoomi -- ligikaudu 0.003 mutatsiooni genoomi kohta (või genoomis?)
* mutatsioonimäär on ~3× või ~2.7×10−5 aluse 20 aasta generatsiooni kohta (sõltuvalt hindamismeetodist) – sõna „aluse“ tundub vales kohas või vales vormis, kas „alust“?; sulgudes oleva märkuse võib lausesse sisse loetavuse parandamiseks
* need määrad peetakse oluliselt kõrgemateks kui inimese genoomi mutatsioonimäärad ~2.5×10−8 aluse generatsiooni kohta.  – neid määrasid peetakse oluliselt kõrgemateks inimese genoomi mutatsioonimääradest 
* võib omada kolm mutatsiooni. – kolme mutatsiooni
*  (DNA reperatsiooniensüümide [13] ekspressiooni kasv). – viide võiks olla päris lause lõpus
* Teiseks suurendavad mutatsioonimäärad kasuliku mutatsioonide määra – kasulike
* Lõpuks ei pruugi looduslik valik optimiseerida mutatsiooni suhtarvu mutatsioonimäära alandamisest suhteliselt väikese kasu tõttu ja seega on vaadeldud mutatsioonimäär neutraalsete protsesside saadus. – lause jääb segaseks ja ehk on seda võimalik liigendada ja loetavamaks teha, „optimiseerida“ asemel „optimeerida“
* Uuringud on näidanud, et RNA viirsuste nagu polioviirus ravimise tulemused ribaviriini tootmisega toetavad mõtet – „viiruste“, lauset tuleks veidi ümber sõnastada selguse saamiseks

Palun esita oma parandused hiljemalt 4. novembriks. Jõudu tööle! Moisavald (arutelu) 1. november 2016, kell 23:45 (EEST)

Siin on veel mõningad kommentaarid:

• enamuse mutatioonispektriks – enamiku
• erinevad liikidevaheliselt – erinevad liigiti
• 10-6 kuni 10-8 mutatsiooni aluspaari generatsiooni kohta – kui 10 ja 6 vaheline kriips tähendab vahemikku, siis peaks seda kirjutama mõttekriipsuga, praegu on sidekriips
• Mutatsioonimäära evolutsiooniteooria tuvastab kolme tegurit: generatsioon kahjulike mutatsioonidega (kõrgem sagedus), generatsioon soodsate mutatsioonidega (kõrgem sagedus) ning metaboolsete kulud ja vähenenud replikatsioonimäärad, mis on vajalikud mutatsioonide vältimiseks – „tuvastab“ asemel „eristab“; seejärel peaks loendi osad panema osastavasse käändesse: generatsiooni kahjulike mutatsioonidega, generatsiooni soodsate mutatsioonidega ning metaboolseid kulusid ja vähenenud replikatsioonimäärasid; viimases teguris võiks ehk „ja“ asemele panna „koos“, nii ei teki pikas loetelus segadust.
• Organismi mutatsioonimäär on arenenud omadus ja on tugevalt mõjutatud iga organismi geneetika ja keskkonna poolt. -- Organismi mutatsioonimäär on arenenud omadus ning see on tugevalt mõjutatud iga organismi geneetikast ja keskkonnast.
• Tänu erinevate organismide spontaansetest mutatsioonidest saadavale teabele on tekkinud üldised mustrid, mis on genoomi mutatsioonimäära ulatuses, ning neid mustreid kasutatavad mehhanismid. – lause lõppu on vaja ümber sõnastada, nt on genoomi mutatsioonimäära ulatuses tekkinud üldised mustrid ning neid kasutavad mehhanismid.
• Erinevaid geenivariante liigi piires nimetatakse alleelideks ja nii öeldakse, et uus mutatsioon tekib uues alleelis. – „ja nii öeldakse“ ära jätta, veidi kõnekelne, parem „seega“
• [[|Populatsioonigeneetika|Populatsioonigeneetikas]] iseloomustab – viide on siin ebaõnnestunud
• Valikukoefitsent võib olla negatiivne, vastata oodatud vähenemisele, positiivne, vastata oodatud tõusule või olla null (oodatud muutusi pole). – seda lause tuleb korrigeerida, sest varaiante on ainult kolm, siit saab välja lugeda viit; parem „võib olla negatiivne, st vastata oodatud vähenemisele“ kõigi täpsustuste kohal, sh sulgudes täpsustus lahti kirjutada nii
• see on olnud põhjaliku uurimuse teemaks. – seda on uuritud põhjalikult
• enamus mutatsioonidest – enamik
• Paljud saidid organismi genoomis ei pruugi tunnistada mutatsioone suure kohanemise mõjuga. -- lause lõpus on sõnajärg kehv, parem nt „tunnistada suure kohanemismõjuga mutatsioone“
• Fikseeritud sünonüümsed mutatsioonid nagu sünonüümsed asendused, on geenijärjestuse muutused – ei ole koma
• Mutatsiooni akumuleerumise liine on kasutatud kirjeldamaks mutatsioonimäära Bateman-Mukai meetodiga soolebakterite, ümarusside, pärmide, kärbeste ja väikeste aastaste taimede otsese sekveneerimisega. – selle lause lõpp tuleb korrigeerida, mida on tahetud öelda?
• Inimese mitokondriaalse DNAmutatsioonimäär on ~3× või ~2.7×10−5 alust 20 aasta generatsiooni kohta sõltuvalt hindamismeetodist;[7] neid määrasid peetakse oluliselt kõrgemateks inimese genoomimutatsioonimääradest ~2.5×10−8 alust generatsiooni kohta – „alust“ on ikkagi veider, kas on mõeldud „aluspaari“ (sellest on juttu eelnevas lauses), „neid määrasid peetakse oluliselt kõrgemaks inimese genoomi mutatsioonimääradest, mis on ~2.5×10−8 alust generatsiooni kohta“
• Siiski ei suuda looduslik valik optimeerida mutasioonimäära selle taseme alandamise suhteliselt väikese kasu tõttu ja seega on vaadeldud mutatsioonimäär neutraalsete protsesside saaduseks – lause sai paremaks, aga veel oleks vaja esimest poolt liigendada (kasutada kõrvallauset, nt „…optimeerida, kuna selle taseme alandamisest on suhteliselt vähe kasu, ja seega…“), lause lõpp võiks jääda nii „ seega on vaadeldud mutatsioonimäär neutraalsete protsesside saadus.“
• Uuringud on näidanud, et RNA-viirsuste, näiteks polioviirus, ravimine ribavariini tootmisega toetavad mõtet, et viirused muteeruvad liiga sageli säilitamaks oma genoomi informatsiooni – lause sai paremaks, aga vajab ikkagi veidi ümber sõnastamist, „viirsuste“ - viiruste
• ning avardasid Lea ja Coulson – veidi parem verb leida
• Muteerumismäära täpne tõlgendus sõltub nende meetodite tugevate külgede ja piirangute arusaamisest ning sellest, kuidas iga meetodi jaoks fluktueerimisanalüüsi optimiseerida -- Muteerumismäära täpne tõlgendus sõltub nende meetodite tugevate külgede ja piirangute mõistmisest ning sellest, kuidas iga meetodi jaoks fluktueerimisanalüüsi optimeerida
• geeni poolt kodeeritud valguprodukti – „poolt“ ära jätta
• arenenud Escherichia coli B kogu genoomist – kas B on ka nime osa, seega peaks olema ka kaldkirjas
• kui DNA mutatsioonid, mis on organismi poolt rohkem kasutusel (geeni ekspressioon). -- kui DNA mutatsioonid, mis on organismis rohkem …
• on kandidaadiks kasutamaks molekulaarset kella. – ümber sõnastada, saavat käänet ei peaks nii palju kasutama
• enamus liikidevahelisest erinevustest– enamik liikidevahelistest

Palun esita parandused 18.11. Jõudu tööle! Moisavald (arutelu) 15. november 2016, kell 23:45 (EEST)

Oled olnud väga tubli! Siin on viimased kommentaarid:

• on kogugenoomi sekveneerimine -- on kogu genoomi sekveneerimine
• Tänu erinevate organismide spontaansetest mutatsioonidest saadavale teabele on tekkinud üldised mustrid, mis on genoomi mutatsioonimäära ulatuses tekkinud üldised mustrid ning neid kasutavad mehhanismid. – Tänu erinevate organismide spontaansetest mutatsioonidest saadavale teabele on genoomi mutatsioonimäära ulatuses tekkinud üldised mustrid ning neid kasutavad mehhanismid.
• valiku koefitsient – kokku
• Valikukoefitsent – Valikukoefitsient
• Mutatsiooni akumuleerumise liine on kasutatud kirjeldamaks mutatsioonimäära Bateman-Mukai meetodi ja soolebakterite, ümarusside, pärmide, kärbeste ja väikeste aastaste taimede genoomide otsese sekveneerimisel. – see lause tundub siiski veider, kui „Bateman-Mukai meetod“ ei kuulu kokku „sekveneerimisega“, siis oleks parem lause nii: „Mutatsiooni akumuleerumise liine on kasutatud kirjeldamaks mutatsioonimäära Bateman-Mukai meetodiga ning soolebakterite, ümarusside, pärmide, kärbeste ja väikeste aastaste taimede genoomide otsesel sekveneerimisel“
• Fikseeritud sünonüümsed mutatsioonid nagu sünonüümsed asendused on geenijärjestuse muutused – koma sõltub siin tegelikult lause mõistmisest, pean seega üle küsima, kas „sünonüümsed asendused“ on näide „sünonüümsetest mutatsioonidest“ või on need võrreldavad protsessid; viimasel juhul jääb kõik nii, kuid kui tegu on näitega, siis tuleb siiski kasutada komasid -- Fikseeritud sünonüümsed mutatsioonid, nagu sünonüümsed asendused, on geenijärjestuse muutused.
• otsese sekveneerimisel -- otsesel sekveneerimisel
• kuid prognoosi täpsus kõikus märkimisväärselt – kõigub
• DNA reperatsiooniensüümide -- DNA reparatsiooniensüümide? (tuleb sõnast „reparatsioon“)
• ravimine ribavariiniga toetavad mõtet, -- toetab

Palun esita parandused 26.11. Jõudu tööle! Moisavald (arutelu) 24. november 2016, kell 16:45 (EEST)