Kasutaja arutelu:MareVahtre/CRISPR

Artikkel tundub päris pikk, kindlasti üle 6000 tähemärgi. Üldmulje on väga hea. Viiteid on kasutatud palju, samuti on kenasti liigendatud peatükid. Sissejuhatav osa võiks ehk veidi lühem olla. Ära võiks olla märgitud, et kasutatud on inglise keelse Wikipedia tõlkimist. Artikli alguses selgitatakse kohe lühendi tähendust ning antakse definitsioon. CRISPR/Cas võiks olla igal pool samamoodi kirjas, alustati kaldkriipsuga, ent leidub ka sidekriipsuga, näiteks mehhanismi lahtiseletamise juures. Esinevad mõned kirjavead komade puudumisega, on ka tühikuid ära jäänud. Lauseid võiks natukene rohkem eestistada, hetkel kohati natuke puine tõlge või algteksti kinni jäädud. Eestiga seonduvat infot pole, ent ei pea seda ka antud teema puhul oluliseks. Üldiselt kena artikkel! Kristelalman (arutelu) 5. november 2017, kell 22:23 (EET)[vasta]

ÕA Avelt:

Loe uuesti mõttega läbi ja paranda.
Artikkel vajab kindlasti illustreerivat joonist/ jooniseid.

Toon välja ka mõned kohad, mis kindlasti vajavad tööd:

Kui mikroobi tungivad viirused, on esmaseks immuunvastuseks võõr-DNA tabamine ja sisestamine CRISPR lookusesse speisser-järjestusena. Cas1 ja Cas2 valgud on levinud kõikides CRISOR/Cas immuunsüsteemides, viidates asjaolule, et nad on seotud speisserite omandamisega. Mutatasioonidel põhinevad uuringud näitavad, et Cas1 või Cas2 valgu eemaldamisel peatub speisserite omandamise ilma, et häiruks CRISPR´i immuunvastus.
Mitmed Cas1 valgud on iseloomustatud ning on kokku pandude nende struktuur. On teada, et Cas1 valkudel on mitmekesine aminohappeline järjestus, sellegipoolest on nende kristallstruktuurid üsna sarnased. Kõik eraldatud Cas1 valgud on metalli-ioonist sõltuvad nukleaas/integraasid, mis seonduvad DNAle sõltumata selle järjestusest.
Ka Cas2 valgud on iseloomustatud - nad omavad kas üksikahelalist ssRNA[18] - või kaheahelalist dsDNA[19][20] - spetsiifilist endoribonukleaasset aktiivsust.
Uusi speissereid lisatakse alati CRISPR järjestuse algusesse, põhijärjestuse kõvale: selle tulemusena moodustub kronoloogiline loend viirusinfektsioonidest.
Integratsiooni täpsuse eest vastutab E. colis histooni sarnane valk, mida nimetatakse integratsiooni võõrustaja faktoriks ehk IHF. --- E.coli kaldkirja. integratsiooni võõrustavaks faktoriks ehk IHF-iks (integration host factor).
Protospeisseri külgnevad motiivid --- Protospeisseriga külgnevad motiivid
PAM´ id --- PAM-id
On tõenäoline, et... --- Tõenäoliselt...
Sulfolobus solfataricuse --- kaldkirja
Sulfolobus solfataricuse CRISPR järjestuse analüüsi tulemusel selgus, et edaspidised kanoonilised speisseri insertsioonid on palju kompleksemad - üks kuuest CRISPRi lookusest inserteerib uued speisserid juhuslikult üle kogu CRISPR järjestuse, vastupidiselt mehhanismile, kus insertsioon toimub kõige lähemal põhijärjestusele. ---- sõnasta paremini, sest mõte jääb segaseks.
Kirjeldatud nähtus tõstatas hüpoteesi, et speisserite omastamise kompleks libiseb mööda võõr-DNAd peale seda, kui on toimunud seondumine uue protospeisseri leidmise eesmärgil. --- segane lause.
lõhestamine ja lõhenemine? --- ingl k cleavage all mõeldakse lõikamist
crRNAd moodustab seostudes Cas valkudega ribonukleotiididide kompeksid, mis suudavad ära tunda võõr-DNAd. --- kirj uuesti
On selgunud, et crRNAd ei eelista kodeerivat ega ka mittekodeerivat järjestust, mis indikeerib RNA-suunatud sihtmärk-DNA süsteemi. --- ...mis viitab RNA poolt juhitud DNA-d sihtivale süsteemine (which is indicative of an RNA-guided DNA-targeting system).
I tüüpi süsteemides toimub korrektne aluspaaride seondumine crRNA ja protospeisseri signaaline konformatsiooniliste muutuste kaudu kaskaadis, mis toob endaga kaasa Cas3 valgu ja DNA degradatsiooni. --- sõnasta paremini.
viite, kuute - viit, kuut
küpsemisprotsessi jooksul --- (ingl k maturation process) ei kasutaks antud juhul toortõlget, soovitan sõnastada teisiti.
Osaline kattuvus järjestuste vahel hoiab ära CRISPR/Cas süsteemi võimalust võtta sihtmärgiks kromosoomi nukleotiidide paardumist väljaspool speisser-järjestuse signaale, hoides sellega ära DNA lõhestamise. --- segane lause.

--Aveav (arutelu) 2. detsember 2017, kell 12:26 (EET)[vasta]

ÕA Katrin:

Artiklisse on vaja lisada juurde siselinke.
Palun veendu, et iga lõigu lõpus oleks viide.
Sõna poolt on võõrmõjuline ja teeb sageli lause kantseliitlikuks.Enamasti lauses ülearune.
Artiklile oleks vaja juurde illustreerivaid jooniseid või skeeme.--Kleppik (arutelu) 7. detsember 2017, kell 21:19 (EET)[vasta]

Palun vaata üle kõik õppeassistent Ave soovitused, kui need on sisse viidud, siis võid laadida artikli põhiruumi (vt videojuhendit).--Kleppik (arutelu) 14. detsember 2017, kell 23:23 (EET)[vasta]