Kasutaja arutelu:MKõbin/CRISPR-Cas9 süsteem

Artikkel on erialainimese kasulik lugemine ja hariv ka asjaarmastajale. Tore, et juures on illustratsioon, kuid selle peaks muutma eestikeelseks: fail tuleks enda arvutisse salvestada, olemasolev tekst maha, uus asemele ning tulemus Commonsisse üles laadida.

Sissejuhatuse ja „Ajaloo“ peatüki parandused

Ka lühendeid peab käänama: CRISPR (nimetav) : CRISPR-i / CRISPRi (omastav) : CRISPR-it / CRISPRit.
Protospacer võiks olla pigem eesti keeles, pakutud on nt "protospeisser", aga äkki on ka paremaid vasteid. Kui jääte ingliskeelse variandi juurde, siis see on tsitaatsõna: kursiivis ja ülakomaga käändelõppudest eraldatud.
Vaadake kriitilise pilguga üle siselingid, mis pole aktiivsed. Tegu- ja omadussõnad ei sobi siselinkideks, samuti pole tõenäoline, et Vikipeediasse luuakse artikkel „Omandatud immuunsüsteem“.
Esimesel mainimisel mõiste paksu kirja.
CRISPR-ks nimetatakse lookust või piirkonda paljude prokarüootide DNA-s, mis sisaldab lühikesi nukleotiidseid kordusi, mille vahel on erinevate viiruste lühikesed nukleotiidsete segmentide järjestused ehk protospacer-id . > CRISPR (clustered regularly interspaced shortpalindromic repeats – hääldadakse 'crisper') on lookus või piirkond paljude prokarüootide DNA-s, mis sisaldab lühikesi nukleotiidseid kordusi. Nende vahel on eri viiruste lühikesed nulkeotiidsete segmentide järjestused ehk protospacer'id (või eestikeelne vaste).
CRISPR (clustered regularly interspaced shortpalindromic repeats - hääldadakse crisper) ja teised CRISPR-ga seotud geenid kujutavad endast bakterite omandatud immuunsüsteemi, mis pakub kaitset sissetunginud võõra geneetilise materjali eest. > CRISPR ja sellega seotud geenid moodustavad bakterite immuunsüsteemi, mis kaitseb sissetundinud võõra geneetilise materjali eest. ? Või ma ei saanud aru?
Lisaks koosneb see immuunsüsteeem veel > See immuunsüsteem koosneb veel
, mis, seostunud teatud CRISPR protospacer-ga, katalüüsivad võõra DNA ahela katkemist. > CRISPR-i protospacer'iga seostunult katalüüsivad need võõra DNA-ahela katkemist.
oli esimene CRISPR süsteemi nukleaas, mis avastati > avastati CRISPR-i süsteemi nukleaasidest esimesena
CRISPR-Cas süsteem > CRISPR-Cas-i süsteem
on see tehnika potentsiaalselt väga hea biotehnoloogiline vahend genoomi töötlemiseks > on see väga hea biotehnoloogiline vahend genoomi töötlemiseks
viimasel ajal on spekuleeritud, et antud > Võimalik, et selle
juba rakendanud antud süsteemi > seda süsteemi juba rakendanud
jaapani uurimisrühm > suure tähega
kloneeris > kloonis
mis oli kaasa tulnud koos uuritava geeniga > kas segment või genoom tuli kaasa
kohas - > kohas:
Aastal 2005 > 2005. aastal
osad spacer-id, mis asuvad CRISPR lookuses, on > osa CRISPR-i lookuses asuvaid spacer'eid on
Need tulemused andsid mõista, et CRISPR roll bakteris on > Nende tulemuste järgi on CRISPR-i roll bakteris
Esimesed eksperimentaalsed tõendid selle kohta ilmusid > Esimesed katsed selle kohta tehti
Staphylococcus thermophilus > kursiivi
spacerid > spacer'id
teda nakatatud > teda nakatanud

Viige esimesed kolm parandust ka järgmistes peatükkides sisse, siis loen edasi. Jõudu tööle! Annn (arutelu) 26. oktoober 2016, kell 12:03 (EEST)[vasta]

"Mehhanismi" ja "Biotehnoloogilise paranduse" peatüki parandused. Kui neid on arvestatud, loen teksti veel kord üle ja tõenäoliselt tuleb veel midagi viimistleda.

Illustratsiooni peaks muutma eestikeelseks: fail tuleks enda arvutisse salvestada, olemasolev tekst maha, uus asemele ning tulemus Commonsisse üles laadida.

mingi segment (protospacer) viiruse DNAst salvestada CRISPR lookusesse, mis on homoloogiline viiruse DNAle antud piirkonnas > tehke mitu lauset. Mis on homoloogiline?
täidavad sellist rolli > mis rolli?
Katsed, kus on mutatsioonid tehtud nendes valkudes, on näidanud > Valgumutatsiooni katsed näitavad
toimu enam uute protospacer`te lülitamine > lülitu enam uued protospacer'id
CRISPR lookusesse > CRISPRi lookusesse
Olgu mainitud, et praeguseks on juba avastatud mitut > Avastatud on mitu
CRISPR süsteemi > CRISPRi süsteemi
) mis > ), mis
Aga kuna tüüp > Kuna tüüp
kõige enim > enim / kõige enam
nii öelda > nii-öelda
näidis CRISPR süsteem > näidis-CRISPRi süsteem
Nagu mainitud, võõras > Võõras
protospacer`tena > protospacer'itena
Erinevad spacer`id > Eri spacer'id
CRISPR RNAks > CRISPRi RNAks
guide RNA > guide'i RNA / guide-RNA
crRNAle > kui käändelõpu alguses on l, siis pannakse sidekriips, et seda I-ga segi ei ajaks: crRNA-le
trans-aktiveeriv > üks sõna
tracrRNA, mille geen bakteri genoomis asub, nagu Cas9 geengi, CRISPRi lookuse lähedal > Selle geen on bakteri genoomis nagu Cas9 geengi CRISPRi lookuse lähedal
See on vajalik selleks, et > Sellist asukohta on vaja, et
antud viiruse DNAle > viiruse DNA-le
crRNA ja > koma vahele, kõrvallause lõpp
Nüüd, kui > Kui
CRISPR lookusest > CRISPRi lookusest
transkript pre-crRNA > transkripti pre-crRNA
, mis sisaldab endas veel paljusid erinevaid protospacer`eid > See sisaldab veel paljusid protospacer'eid
pre- > ilma sidekriipsuta
CRISPRs > CRISPRis
homoloogne > mujal on „homoloogiline“
double-stranded > kursiivi
crRNAd, millega on tracrRNA seostunu tracrRNAga seostunud crRNAd
märklaud DNAga > märklaud-DNAga
PAM > PAMi (omastav)
protospacer`ga > protospacer'iga
mis on ainult mõni nukleotiid (3-5 aluspaar > See on ainult mõni nukletiid (3–5 aluspaari
süsteemist, sest just > süsteemist – just
spacer`ga > spacer'iga
PAM ala "annab mõista" bakterile, et tegemist võõra > PAMi ala annab bakterile mõista et tegemist on võõra
Tundnud ära selle ala, hübridiseerub > Pärast selle ala äratundmist hübridiseerub
DNAle > DNA-le
PAM ala > PAMi ala
sisuliselt vajalikud ainult kolm komponent - > vaja ainult kolme komponenti:
selle juures on, et see süsteem võimaldab, erinevalt eelmistest genoomi töötlemis tehnoloogiatest, palju täpsemalt, kiiremalt ja odavamalt bioloogilisi süsteeme töödelda > on, et erinevalt eelmistest genoomi töötlemise tehnoloogiatest võimaldab see süsteem bioloogilisi süsteeme töödelda palju täpsemalt, kiiremalt ja odavamalt
Umbes 2011.- 2012. aastatel > Kuidas umbes? Need aastad on ju väga täpsed. 2011.–2012. aastal
märklaud DNA > märklaud-DNA
töötleda - näiteks valida huvipakkuv ala > töödelda. Näiteks valida huvipakkuva ala
guide RNA > guide'i RNA / guide-RNA
Saccharomyces cerevisiae > ladinakeelsed nimetused siin ja mujal kursiivi
, hiirtel, taimedel > Lisaks hiirtel, taimedel
embrüodel > embrüotel
gRNAle > gRNA-le
läheb reaalsuses vaja > läheb vaja
parandus matriits ahelat > parandusmatriitsahelat
See tekib siis, kui katkenud ahelate vahele on huvipakkuv geen integreeritud ja antud ahelat on vaja selleks, et DNA ahela parandamisel ei toimuks mingit juhusliku mutatsiooni, mis muudaks nukelotiidide järjestust > Parandusmatriitsahel tekib, kui huvipakkuv geen on integreeritud katkenud ahelate vahele. Parandusmatriitsahelat on vaja, et DNA-ahelat parandades ei toimuks mingit juhuslikku mutatsiooni, mis muudaks nukleotiidide järjestust
62 erineva geeni > 62 geeni
teha oleks vaja just nii palju erinevaid > teha, oleks vaja just nii palju
DNAl > DNA-l
siis - kuigi kogu kompleks seostub määratud kohale DNAl - ei lõigata > siis – kuigi kogu kompleks seostub määratud kohale DNA-l – ei lõigata
antud kohaga > selle kohaga
nö lülitatud välja erinevaid huvipakkuvaid geene > huvipakkuvaid geene n-ö välja lülitatud
erinevate geenide > eri geenide
ahelreaktsioon, mis kandis teatud pigmentatsiooni tunnuse > ahelreaktsioon. See kandis teatud pigmentatsioonitunnuse
Teine uurimisrühm oli, samuti CRISPRit kasutades, malaariat levitanud sääskedes tekitanud geeni lülituse, mis aitas levitada geene, mis takistasid neil sääskedel enesega kaasas kanda malaaria viirust. > Teine uurimisrühm kasutas samuti CRISPRit ja tekitas malaariat kandnud sääsketes geenilülituse, mis aitas takistada malaariaviirust kandvate geenide levitamist.
geeni lülituse > kokku
emased sääsed viljatuks > emased malaariat kandvad sääsed viljatuks ?
viljatuks, mille > viljatuks. Selle
Viidete ees on liiga palju vaba ruumi.

Juba parem!

Annn (arutelu) 29. oktoober 2016, kell 12:07 (EEST)[vasta]

Veel kommentaare

clustered regularly interspaced short palindromic repeats > kursiivi
- hääldadakse crisper > – hääldadakse 'crisper'
protospacer`id . > protospacer'id.
näiteks Cas9 (CRISPR associated proteins) > siin ja allpool ei tohiks enam paksu kirja kasutada: näiteks Cas9 (CRISPR associated proteins)
protospacer`ga > protospacer'iga
40% prokarüootidest ja umbes 90% arhedest > 40%-l prokarüootidest ja umbes 90%-l arhedest
CRISPR-Cas-i süsteem > CRISPR-Casi süsteem (kui mujal pole sidekriipsuga). Ei tohiks enam paksus kirjas olla
Linkige kohanimed: Hiina, Jaapan jne.
kahes eri kohas > kahes kohas
spacer`id on pärit > spacer'eid on pärit
CRISPR lookusesse > CRISPRi lookusesse
sarnane viiruse DNAle antud piirkonnas > sarnane viiruse selle piirkonna DNAga
viiruse DNAd integreerida bakteri genoomi > bakteri genoomi viiruse DNAd integreerida
CRISPR lookusesse > CRISPRi lookusesse
CRISPRi süsteemi > CRISPRi süsteemid
RNAks ehk crRNA > RNAks ehk crRNAks
on vaja selleks, et > on vaja, et
DNA-le homoloogiline > DNAga homoloogiline
paljusid erinevaid > paljusid eri
eesliide pre > eesliide pre
protospacer`ga > protospacer'iga
nukleotiid (3-5 aluspaar) > nukleotiid pikk (3–5 aluspaar)
spacer`ga > spacer'iga
PAM ala "annab mõista" bakterile > PAMi ala annab bakterile mõista
tegemist võõra > tegemist on võõra
DNAle > DNA-le
katkemist, mis toimub samuti PAM ala > katkemist. See toimub samuti PAMi ala
kolm komponent - > kolme komponenti:
aspekt selle juures on, et > aspekt on, et
2011.- 2012. aastatel > 2011.–2012. aastal
RNAks – guide-RNA ehk gRNA > RNAks – guide-RNAks ehk gRNAks
, nematood (C. elegans), hiirtel > ja nematood (C. elegans). Ka hiirtel
gRNAle > gRNA-le
tekivad siis, kui katkenud ahelate vahele on huvipakkuv geen integreeritud > tekivad, kui katkenud ahelate vahele on integreeritud huvipakkuv geen
, need poolikud ahelad parandatakse > parandatakse need poolikud ahelad
võivad nendes > võib nendes
nö > n-ö
olid teinud > tegid
EJ. 2010. >EJ (2010).
181-90 > 181–190
(June 2014) > Juuni 2014
[History. https://www.addgene.org/crispr/reference/history/ CRISPR/Cas9 History] > üleliigsed nurksulud
Illustratsioonidel: „rakumembraan“ kokku, „märklaud-DNAga“, „sihtmärk-järjestus“, „märklaud-DNA“ sidekriipsuga

Päris hästi! Annn (arutelu) 5. november 2016, kell 11:12 (EET)[vasta]