Kasutaja arutelu:Kadrisamuel/Lac-operon

Õpilase tagasiside

1. Kas artikkel on piisavalt pikk? Lõplik artikkel peab olema vähemalt 6000 tähemärki (koos tühikutega, aga ilma viidete ja sisukorrata).

   Vastus: praegu sisaldab artikkel ligikaudu 70% nõutud 6000 tähemärgist. Pole vist hullu, kuna tegu mustandiga. Samuti eelistataksin lühemat viimistletud teksti kui pikka ja lohisevat kirjatükki.

2. Milline on artikli üldmulje? Kas see vastab entsüklopeediaartikli nõuetele?

   Vastus: kiire ülevaate järgi on artikli välimus hea. Tekst on selgesti liigendatud. Sisukord on olemas, viited kirjas. Soovitan võimalusel kindlasti lisada pilte ning jooniseid. Seesuguse teemavaliku korral tasub kahtlemata ära, kuigi litsentsiõigusi taga ajada on tüütu. Veel lisaksin rohkesti Vikipeedia-siseseid viiteid. Pean silmas hüperlinke, mis viivad mõistele klikates mõne teise artiklini. Operoni näitel kasutatakse süntaksit [[operon]]. Tulemus: operon. Kui artikkel on olemas, on viide sinine, vastasel juhul punane.

   Süntaks lubab mõistet käänata ning selle kirjapilti muuta.

   • [[operon]]ile, tulemus: operonile
   • [[geen|geenid]], tulemus: geenid
   • [[pheBA-operon|''pheBA''-operon]], tulemus: pheBA-operon (artikkel kirjutamata)

3. Artikli struktuur. Kas artikli struktuur tundub loogiline?

   Võib-olla tõstaksin artikli esiotsa peatüki „Ajalugu“, aga pole otsene viga.

   • Kas artikli esimene sõna / esimesed sõnad on sama(d), mis artikli pealkiri, ja kas esimene lause on (n-ö) definitsioon?

     Vastus: jah, esimene sõna klapib pealkirjaga. Seevastu pole esimene lause mõiste definitsiooniks. Artikli juhatab sisse lause „Lac-operon (laktoosioperon) koosneb kolmest struktuurgeenist, promootorist ja operaatorist.“ (kaldkiri lisatud). Pakuksin välja stiili „Lac-operon (laktoosioperon) on operon, mis...“ Märkus. Lac-operoni algusosa kirjutakse kaldkirjas.

   • Kas sissejuhatus on piisavalt lühike ja kokkuvõtlik?

     Vastus: jah, kui välja arvata, et otsesõnaline definitsioon puudub.

4. Refereerimine. Kas tekst annab algallikas olevat infot adekvaatselt edasi, st kas algallikas väidab seda, mida refereering väidab? (Kontrolli kättesaadavaid allikaid pisteliselt.) Ega artiklis ei leidu plagiaati? Kas tekst on sidus ning refereering pole jäänud algallika teksti liigselt kinni? Kui algallikaid on tsiteeritud, siis kas tsitaadi kasutamine on õigustatud?

   Vastus: allikas [1] on korduv, st kattub viitega [3]. Pisut segaseks jääb just viite [1] enda sõnastus: kas „lacZ“ tähistab siis struktuurigeeni ennast või kodeeritavat ühendit? Mulle tundub, et sarnane segadus valitseb ingliskeelses variandis. (Võib-olla eksin, ei tea teemast eriti midagi.)

   Viite [5] kasutusega paistab olevat korras. Kenasti teisendatud, selgitatud ning isegi laiendatud.

   • esialgne ingliskeelne väide: In opposition to lactose (also an inducer of these systems if altered by b -galactosidase [18]), IPTG is not a substrate for b - galactosidase (the product of the lacZ gene) and is, therefore, not metabolized.
   • eestikeelne ümbersõnastus: [ITPG] ei ole lähteaine β-galatosidaasile. IPTG-d on hea kasutada in vivo katsetes indutseerijana, kuna E. coli ei metaboliseeri seda ja IPTG kontsentratsioon jääb konstantseks, seega on stabiilne ka geenide ekspressioon.
   • Mil määral on artikkel originaallooming ja mil määral tõlketekst ingliskeelsest Vikipeediast? Viimasel juhul tasuks kontrollida tõlke kvaliteeti. Loodud artikkel võiks olla parem.

     Vastus: mõni alajaotuse pealkiri ühtib ingliskeelse variandiga, seda igati õigustatult. On selge, et on loetud teisi allikaid. Tekst ei tugine eriti ingliskeelsele (kiire ülevaate alusel).

5. Viitamine. Kas iga väide, mis pärineb kasutatud allikatest, on viidete abil seostatav algallikaga? Kas viited on esitatud piisavalt tihti, nii et lugeja saab iga väidet soovi korral kontrollida. Kas viited on esitatud tehniliselt korrektselt? Kas bibliokirje (s.o viidete täiskirjed lõpus) kõik kohustuslikud elemendid on olemas?

   Vastus: viidete tihedus tundub olevat korras. Tehniline korrektsus paigas. Täiskirjetega mõni probleem. Näiteks viites [7] on tegu ikkagi teadusartikliga, kuid viide on arusaamatu:

   • Department of Genetics and Development, Columbia University, New York, NY, USA. 2012 [5], samas veebilink on selline: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22639266.

6. Loetavus. Kas tekstiga edastatav sõnum on mõistetav? Kas tekst on keeleliselt korrektne? Kui esineb korduvaid ortograafiavigu ja sa neid märkad, siis palun too need autori jaoks abistavalt esile.

   • Leidub sõnastusvigu, näiteks sõnajärjekorra osas. Paronüümiviga (toodud paksus kirjas). „E. coli eelistab glükoosi süsinikuallikana, kuid kui see puudub, võetakse laktoos kasutusele. Kui on mõlemad saadaval rakule, kasutatakse ennem siiski glükoos ära ja alles siis lülitatakse sisse lac-operon.“ võiks olla hoopis „E. coli eelistab süsinikuallikana glükoosi. Kui glükoos puudub, võetakse kasutusele laktoos. Mõlema esinemise puhul kasutatakse enne ära glükoos ja alles siis lülitatakse sisse lac-operon.“
   • Ladinakeelseid bakterinimetusi käänatakse ilmselt ülakomaga, isegi kui juba lühendvormis. See tähendab, et mitte „E. coli-s“, vaid „E. coli's“.
   • Üksiktähe ning sõna ühendamisel kasutakse sidekriipsu. Õige on Z-geen, Y-geen.
   • Paar näpuviga, nagu üleliigne tühik siin-seal: isopropüül-[üleliigne tühik]β-D-tiogalaktosiid.
   • Mõni üksik puuduv koma, näiteks ...kuna peab ainult jälgima[puuduv koma] kui kiiresti lahus kollaseks muutub (ONPG laguneb)[puuduv koma] ja seejärel mõõtma spektrofotomeetriga.
   • Kokkuvõttes laused mõnusa pikkusega ning korras.

7. Pildid-joonised. Piltide-jooniste tekstid peavad olema eestikeelsed ning piltidel ei tohi olla probleeme litsentside või autoriõigustega.

   Vastus: pilte ega jooniseid hetkel pole.

8. Kas on Eestiga seonduvat infot (kui seda saab selle teema juures sisse tuua)?.

   Vastus: ei ole asjakohasest Eesti-seosest teadlik.

– RasmusBE (arutelu) 4. november 2017, kell 18:19 (EET)

---

ÕA Avelt:

• Laktoosioperoni geeniregulatsioon oli esimene geeniregulatsioonimehhanism, mis välja töödati, seetõttu on seda ka väga palju uuritud ning kasutataks enamasti prokarüootse geeniregulatsiooni näitena. --- "geeniregulatsiooni mehhanism" lahku. Sõnastaks lause paremini. nt Laktoosioperoni geeniregulatsioon oli esimene välja töötatud geeniregulatsiooni mehhanism ja seetõttu on seda ka väga palju uuritud. Kasutatakse prokarüootse geeniregulatsiooni näitena.
• Alustaks Struktuuri peatükki teisiti:

"Lac-operon kolmest struktuurgeenist ning operaatorist, promootorist ja regulaatorist. Kolm struktuurgeeni on: ...."

• mis lõikaks laktoosi molekuli ----- mis lõikab laktoosi molekuli
• "Neljas, I geen, kodeerib Lac repressori valku, mis kinnitub Lac operaatorile. I geen asub küllaltki lähedal Z, Y ja A geenile, kuid lähedus pole selle funktsioonile tähtis." ---- lause mõte jääb segaseks (ingl k on "The fourth lac gene is lacI, encoding the lactose repressor—"I" stands for inducibility." --- mistõttu sõnastaks lause teisiti: Neljas geen on lacI (ingl k inducibility), mis kodeerib laktoosi repressorvalku ja kinnitub Lac operaatorile.
• "avaldatakse geenid" --- ?
• "E. coli eelistab glükoosi süsinikuallikana, kuid kui see puudub, võetakse laktoos kasutusele. Kui on mõlemad saadaval rakule, kasutatakse esmalt siiski glükoos ära ja alles siis lülitatakse sisse lac-operon. Selline süsteem on välja kujunenud kuna glükoosi metabolism toodab rohkem energiat rakule kui laktoosi metabolism." --- sõnade järjekord.
• "Üks nendest on RNA polümeraasi seondumiskoht ja teise seondub CAP ja cAMP kompleks." --- teisele
• "Repressorvalk seondub operaatorile ja sealt ei pääse läbi RNA polümeraas." --- sõnade järjekord.
• "Kui aga laktoosi on rakus, siis see seondub repressoriga, mis seejärel laseb lahti operaatorist." --- segane lause
• "Siis saab RNA polümeraas promootorile ja transkribeerida vajalikke geene." --- Siis saab RNA polümeraas seonduda promootorile ja...
• "Seega on lac-operoni regulatsioon väga hea näide negatiivsest kontrollist ehk repressioonist." ---- sõnade järjekord
• in vivo kaldkirja
• "Näiteks, kui glükoos ja laktoos olid mõlemad bakterile kättesaadavad, glükoos metaboliseeriti esimesena ja alles siis laktoos." ---- sõnade järjekord.
• "Nad indutseerisid β-galaktosidaasi ja permeaasi ensüümi, mis on vajalik, et laktoosi rakku transportida." --- kas mõlemad on vajalikud laktoosi transpordiks? ja parandaks sõnade järjekorda: "...laktoosi transpordiks rakku."
• "mis kodeeris" asemel: mis kodeerib
• "Nad said teada, et need kolm geeni on lähedalt seotud kromosoomis." --- sõnade järjekord
• "Repressori isoleerisid Walter Gilbert ja Benno Müller-Hill 1966. aastal, kui nad jälgisid, kuidas seondub indutseerija IPTG'ga." ---- sõnade järjekord
• "Sealt õnnestus tal saada lühikesi DNA ahelaid, mis olid ennem repressor molekuliga kaitstud. See järjestus kinnitati ja leiti, et see asus natuke enne Z struktuurigeeni." ---- paranda
• "Selline on näiteks kaksikhübriid analüüs, mida kasutatakse valk-valk interaktsioonide või valk-DNA interaktsioonide avastamiseks testides näiteks seostumisi transkriptsionaalse aktivaatori ja spetsiifilise promootori järjestuse vahel." --- segane

--Aveav (arutelu) 2. detsember 2017, kell 18:07 (EET)

---

Õppeassistent Kairilt:

1. Paranda teksti ÕA Ave soovituste järgi. Vaata tekst üldiseltki üle, mõnes kohas on sul nt ka koma puudu.
2. Palun lisa ka „Regulatsiooni“ teisele lõigule viide.
3. Siselingid peavad olema märgitud sõna esimesel esinemisel (vrd nt glükoos).
4. Kaldkirjas võõrnimedele liitub käändelõpp ülakomaga. Vt EKIst. Suurtähelühenditele seevastu lisatakse käändelõpp sidekriipsuga või kohe lühendi otsa.

Jõudu tööle!

--Kairijan (arutelu) 7. detsember 2017, kell 13:27 (EET)

Võid oma artikli põhiruumi laadida. Seejärel on töö arvestatud!

--Kairijan (arutelu) 17. detsember 2017, kell 13:58 (EET)