Kasutaja arutelu:AngeLina/Külmašokivalgud
Tänan Sind õigeaegse esitamise eest! Maht on piisav ja ka sisu on üsna paljutõotav. Ma keele koha pealt algul väga kriitiline ei ole, tabelid ja pildid tuleb kindlasti korda teha.
Oluliselt saab parandada ka artikli struktuuri.
Alusta juhtlõigust – see on enne sisukorda, mis kajastab kõige tähtsamat CSP/CSD valkude juures. Võrdle teiste sarnaste artiklitega. - Seda parandasin ära.
Parandada saab aga ka artikli sisu. Nt funktsiooni võiks eristada nende asumisest loomadel, bakteritel ja inimestel. Samuti on funktsiooni osa sisuliselt veidi segane. Püüa kirjeldada toimemehhanisme nii, et teemast esimest korda kuulev inimene ka aru saab. - minu arust CSD-valkude funktsioon on nii bakterites kui ka eukarüootides on samasugune. Teine asi on see, et ei ole veel teada, miks arhebekteritel ja pärmides neid ei ole...
Alapealkiri: Bakterite peamised külmašokivalgud, võiks olla ehk lihtsalt „CSD (või CSP, ma ei saa enam aru kumb) bakteritel“. - tegelikult selles mul oli küsimus ka, kuidas õige on. CSD-valk: cold shock domain - valk (valk, mis sisaldab selle domeeni). CSP - cold shock protein - külmašokivalk. Kuidas on siis õige kirjutada: kas CSD- valk või lihtsalt CSP? Aga CSP puhul- "valk" - sõna on juba "CSP" sees olemas.
Lõik aga kirjutab hoopis külma šoki reaktsioonist? Püüa teha nii, et lugeja saab kohe aru, millest jutt on. Siin ma proovsin seletada, mille eest vastutavad need valgud või millise mehhanismi eest nad vastutavad
Eukarüootide alapeatükk jääb ka segaseks. Inimese eripära võiks rohkem lahti kirjutada.
CSD-valgud ja meditsiin – Siia võiks luua konkreetsete mehhanismide kirjelduse ümber laiema pildi kirjelduse. Ehk CSD ’x’ omaduse tõttu sobib ta hästi/katsetakse tema puhul vähiravimitega. On tunnustatud? Jne. Allpool on veidi täpsemalt ka.
Kirjuta enne sisukorda lühikokkuvõte sellest, mis on külmašokivalgud ja miks nad olulised on.
Alustada võiks:
Külmašokivalgud ehk CSP-valgud (cold shock proteins) on ... (mis nad on struktuuri või funktsiooni järgi). Siis võiks kirjutada ühe lause veel nende omadustest.
Ja lõigu lõppu sobib hästi: CSD-valgud on olemas nii prokarüootides, kui ka eukarüootides[1]. Päristuumsetes organismides paiknevad need valgud mitokondrites, tuumas, tsütosoolis ja sisaldavad üht kuni viit külmašokidomeeni.
ainult: eukarüootides – Päristuumsetes – Kasuta termineid igal pool samamoodi. Entsüklopeedias on sünonüümid halvad.
mitokondrites – mitokondorites.
Jälgi, et tekst oleks sisuliselt tasakaalus. Et Sa ei ajaks järjestuses funktsioone, asukohta, struktuuri jne. Et lugejale oleks mõtete järjekord loogiline.
Külmašokivalgud aitavad bakteritel adapteeruda madalatel temperatuuridel kasvamiseks (Joonis 1).
adapteeruda on evolutsiooniline, kohaneda on ontogeneetiline. kumba mõtled?
Kõik uuritud CSD-valgud on võimelised seonduma erinevate nukleotiidsete järjestustega. – Sellest lausest on kas raske aru saada või on ta ebavajalik. Kas mõtled, et kõigil neil on mitu funktsiooni? Ma kahjuks ei tea biokeemilisi termineid selle jaoks. ?
tänu sellele sarnasusele alandavad – tänu sellele sarnasusele suudavad nad alandada.
Sarnasus ise ei põhjusta alandamist, vaid selleks on vast raku toimemehhanismid?
funktsioneerivad valgud – kõik valgud või CSP-valgud?
ende ülesandeks on soodustada või pärssida rakkude jagunemises ja diferentseerumises osalevate geenide ekspressiooni [ehk avaldumist].
Vaatamata sellele, et CSD valgud on laialdaselt levinud eluslooduses, alustades bakteritest ja lõpetades inimesega, ei ole arhebakterite genoomis CSD valkude geene avastatud. Samuti ei ole külmašokidomeeni sisaldavaid valke kirjeldatud pagaripärmis Saccharamyces cerevisiae.
Liigutaks selle teise alapeatüki alla. Jutt on jälle esinemisest ju, mitte funktsioonidest (vähemalt ei seo Sa informatsiooni sellega). Selle kohta, kes sisaldavad ja ei sisalda on ju palju juttu juba.
ainult ühest külmašokidomeenist, millele (koma)
Mitmele bakteriaalsele CSD-valgule on määratud ruumiline struktuur
CSD-valgu ruumiline struktuur on mitmes bakteris (CspA E.coli, CspB B.subtilis ja teised) tuvastatud. CSD-valkude ruumilised struktuurid on omavahel väga sarnased ja koosnevad viiest ẞ-kihist.
viib ajutisele kasvu peatumisele – viib kasvu ajutisele peatumisele.
Sellele järgneb adapteerumise perioodi
Ma ütleks: Sellele järgneb kohanemise periood (Aga ma ei ole kindel, kas mõtled evolutsiooni või ontogeneesi)
maksimaalselt madal temperatuur – miinimumtemperatuur
allpool – külmemas keskkonnas
Tabelis võiks suur tekst muidugi olla kogu ulatuses mitte esimeses tulbas.
https://et.wikipedia.org/wiki/Vikipeedia:Tabelite_tegemine#Tabelilahtrite_.C3.BChendamine on abi selle kohta.
valkude sünteesi, need valgud
Parem: valkude sünteesi. Need valgud
- tuleks teha mõtte kriipsuks, mis on pikem.
Selgroogsete CSD-valgud on väga sarnased inimese YB-1-valguga. – Oot-oot, kas inimesel ei ole siis CSD-valku? !!! CSD-valkudest inimesel on YB-1-valk. Sellele valgule on iseloomulikud kolm domeeni, ...
adenokartsinoom, kopsuv –
adenokartsinoom ja kopsuvähk.
YB-1-valk – YB-1-valgu
Tuumas – rakutuumas
CSD-valgud ja meditsiin. Võib-olla on võimalik üldpilti arusaadavamaks rääkida. Ma saan aru, et CSD valke saab kasutada vähi ravil, nii vähirakkude hävitamiseks kui nende arengu takistamiseks? Õige?
Selle võiks nö tavainimeste tasandil lahti kirjutada. Oleks palju parem.
(Selliste haiguste puhul nagu piimanäärmevähk, munasarja adenokartsinoom, kopsuvähk transporditakse YB-1-valk rakutuuma. – Esimesel lausel ei saa aru, kas see on nüüd raviks või see tekitab haigust või mida.) Selliseid haigusi nagu piimanäärmevähk, munasarja adenokartsinoom ja kopsuvähk põhjustab YB-1-valgu transport rakutuuma.
tsentraalne – keskne
Vaata ka allikad üle. Linkide asemel peaks seal näha olema artikli pealkiri ja võimaluse korral autor ja avaldamiskoht. Üks viide on hetkel ka võõrkeelsesse vikipeediasse, mis ei ole lubatud.
Loodan, et teksti sisu parandamine ei käi üle jõu. Anna teada, kui oled mainitud vead parandanud ja ma vaatan uuesti üle.
Kopeerin ka sama teksti, mis teistelegi. Edu!
Kommentaare lugedes tuleb silmas pidada, et vikipeediasse kirjutamise eesmärgiks ei ole päris tavaline tekst. Vikipeedia teksti ülesanne on edastada lugejale võimalikult kergelt informatsiooni, mistõttu tasub seal järgida entsüklopeedilist stiili. See tähendab eelkõige kompaktsust nii sisus kui väljenduses. Väldi keerulisi lauseehitusi, mis kuhjavad lugeja ette mõtteid, kui sama sisu võib edastada ehk ka ühe mõttega (komade arv on hea määr, mida jälgida). Ära toeta lauseid liigselt varasemale tekstile – enamasti saab lauseid moodustada nii, et nad on mõistetavad ka väljaspool konteksti. Samuti väldi nö. Cliffhanger’eid, kus tähtsaim sisu selgub alles lause või lõigu lõpuks. Entsüklopeediline tekst ei ole jutustus lõkke ümber ega detektiiviromaan. Püüa väljendada kompaktselt ja võimalikult lihtsalt.
Kompaktsus nõuab ka väljenduslikku täpsust. Ei ole mõtet jutuga keerutada ega väljendada umbmääraselt. Ähmaste või mitmetähenduslike sõnade kasutamine tekitab üldiselt probleeme lugejale, kes võib jutust valesti aru saada või on sunnitud lisaallikatega konsulteerima. Väldi hinnanguid (meie, kahjuks, tegelikult jne) ja esitle ainult allikates esinevaid väiteid ja fakte.
Vikipeedia puhul tuleb ka tähele panna lugejate laia kogukonda. Teksti peamine eesmärk on harida lugejat, kes teemast väga palju ei tea. Kui on võimalik kasutada omajuurelisi sõnu, siis tee seda, kuna need teevad teksti uuele huvilisele läbipaistvamaks. Väga suur roll on ka artikli ja artikliosade struktuuril, mis võivad muuta seoseid palju selgemaks või ajada ka juba lausetest leitud ivad segamini. Kirjutades mõtle, kuidas Sa edastaksid antud informatsiooni võõrale inimesele ning püüa ennast panna lugeja rolli.
PeeterT (arutelu) 14. oktoober 2013, kell 19:05 (EEST)
Bakterite peamised külmašokivalgud, võiks olla ehk lihtsalt „CSD (või CSP, ma ei saa enam aru kumb) bakteritel“. - tegelikult selles mul oli küsimus ka, kuidas õige on. CSD-valk: cold shock domain - valk (valk, mis sisaldab selle domeeni). CSP - cold shock protein - külmašokivalk. Kuidas on siis õige kirjutada: kas CSD- valk või lihtsalt CSP? Aga CSP puhul- "valk" - sõna on juba "CSP" sees olemas.
Hea küsimus - raske vastata. Kindel on see, et CSP ei ole lugejale kohe näha kui valk. Äkki oleks seega sobilik rääkida CS-valkudest. Ma pole kindel, millise termini lugeja siit kaasa peaks saama. Küsi äkki juhendajalt.
Külmašokivalgud (CSP, cold shock proteins) on valgud, mis omavad iseloomulikku aminohappelist järjestust, mida nimetatakse külmašokidomeeniks (CSD, cold shock domain). Üks CSD-valkude funktsioonidest on bakterite kasvu soodustamine madalatel temperatuuridel.
Samuti suurendavad külmašokivalgud rakkude vastupidavust ioniseeritava radiatsiooni ja DNA-d kahjustavate keemiliste agentide suhtes[1].
Lihtne reegel - V2 - eesti keeles (nagu saksa keeles) on verb alati teine lauseliige. Lauseliige = mõtteline tervik.
Külmašokidomeeni sisaldavad valgud ehk CSD-valgud on olemas nii prokarüootides kui ka eukarüootides. Eukarüootsetes organismides paiknevad need valgud mitokondorites, tuumas, tsütosoolis ja sisaldavad üht kuni viit külmašokidomeeni [2].
Külmašokivalkude molekulmass on umbes 7 kDa.
Külmašokidomeeni sisaldavad valgud ehk CSD-valgud on olemas nii prokarüootides kui ka eukarüootides. Eukarüootsetes organismides paiknevad need valgud mitokondorites, tuumas, tsütosoolis ja sisaldavad üht kuni viit külmašokidomeeni [2].
See on veidi tasakaalust väljas. Ehk saab paremini sõnastada kui kasutada terminit, mis hõlmab nii prokarüoote kui eukarüoote, kuna praeguses sõnastuses ei tule välja , et nt arhedes neid ei ole.
Teine lause: Kui Sa kirjeldad, kus nad asuvad eukarüootides peaks võrdsuse huvides kirjeldama ka kus asuvad nad prokarüootides.
Püüa info esitada tasakaalustatult.
nukleotiidsete - viita ikka ainult mõistele, mitte tervele lehele (muidu tuleb lingi kõrvale lukk), + kas replikatsioon on õige koht kuhu viidata?, selline "lukk" on mitmel pool. Need tuleb ära parandada.
erinevate -> vist pigem "mitmete". Või on igal ühel oma?
Oma struktuuri poolt osa külmašokidomeenist on väga sarnane RNP-1 motiiviga, mis seondub RNA-ga[3].
Struktuurilt on osa külmašokidomeenist on väga sarnane RNA-ga seonduva RNP-1 motiiviga.
CSD-valgud bakteritel räägib ju hoopis külmaga kohanemisest (samuti on pärast mainitud adaptatsiooni - kumb siis?), mitte bakterite eripärast.
On võimalik, et tänu sellele sarnasusele suudavad CSD-valgud oluliselt alandada RNA ja DNA kaksikheeliksite sulamistemperatuuri. - Ei saa eriti aru, miks. Võib-olla saab pikemalt seletada.
CSD-valgud on võimelised seonduma DNA-ga, toimides sel puhul transkriptsioonifaktoritena ehk valkudena, mis kontrollivad mRNA sünteesi DNA maatriksilt.
Nende (kas CSP või transkrp. fakt) ülesandeks on soodustada või pärssida rakkude jagunemises ja diferentseerumises osalevate geenide ekspressiooni, kodeerides erinevaid kaitsevalke.
CSD-valgud osalevad DNA reparatsioonil, replikatsioonil ja rekombinatsioonil.
Minu jaoks on funktsiooni osa segane. Kõigepealt nad saavad seonduda mitmete ahelatega (see on pigem mehhanism kui ülesanne?). Siis on kirjeldatud struktuurilist sarnasust ja lõpuks päris funktsiooni - alandada sulamistemperatuuri. Lisaks saavad nad toimida transkrp.faktoritena
ja siis osalevad nad veel kahel pool. Minule jääb segaseks, mis funktsioonid neil ikkagi on....
20. sajandil seitsmekümnendate - 1970-ndate aastate
Jätkan hiljem, püüa nimetatud asjadega tegeleda. Just teise poole kohta on kommentaare veel nii, et võid proovida ka seda juba aegsasti parandada.
Anna teada kui oled teksti parandanud. Edu!
Selliseid haigusi nagu piimanäärmevähk, munasarja adenokartsinoom ja kopsuvähk põhjustab YB-1-valgu transport rakutuuma.
Külmašokivalgu YB-1 transport rakutuuma põhjustab inimestel piimanäärmevähki, munasarja adenokartsinoomi ja kopsuvähki.
PeeterT (arutelu) 26. oktoober 2013, kell 16:05 (EEST)
Üks CSD-valgude -> CSD-valkude - ma juba ütlesin seda. Vaata, et ikkagi kõikide kommentaaridega arvestasid.
Enne ma parandasin küll keeleliselt, aga ma ei saa sellest lausest sisuliselt aru.
Selle lõigu järjestust võiks ümber teha. Praegu on segane, kas ta ka eukarüootide kasvu madalatel temperatuuridel soodustab.
Üks CSD-valgude funktsioonidest on bakterite kasvu soodustamine madalatel temperatuuridel.
->
Saab ümber teha: Bakteritel on üks CSD-valgude funktsioonidest kasvu soodustamine madalatel temperatuuridel. - Siis räägib lause selgelt ja ainult bakteritest. Ka järgmine lause räägib siis bakteritest. Mis on selle funktsioonid aga eukarüootides?
Järjekord on sassi läinud. Alusta ikka sellest, et need on olemas nii prokarüootides kui eukarüootides.
Prokarüootides leidub (V2!) CSD-valkude geene bakteriaalse kromosoomi terminatsioonisaidi lähedal[1].
Üks ülesannetes, mis täidavad CSD-valgud on ekspressiooni aktiveerimine või pärssimine nendelt geenidelt, mis osalevad rakkude jagunemises ja diferentseerumises, kodeerides erinevaid kaitsevalke.
- ülesandeks on soodustada või pärssida rakkude jagunemises ja diferentseerumises osalevate geenide ekspressiooni - juba ütlesin.
Üks ülesannetest, mida CSD-valgud täidavad (V2), on rakkude jagunemises ja diferentseerumises osalevate geenide ekspressiooni soodustamine või pärssimine, kodeerides selle jaoks erinevaid kaitsevalke.
Samuti osalevad CSD-valgud DNA reparatsioonil, replikatsioonil ja rekombinatsioonil. V2
Kõik uuritud CSD-valgud on võimelised seonduma erinevate nukleotiidsete järjestustega[3]. Tänu sellele, et CSD-valgud on võimelised seonduma erinevate nukleotiidsete järjestustega, suudavad CSD-valgud oluliselt alandada RNA ja DNA kaksikheeliksite sulamistemperatuuri. - ma ei saa selle lause sisust ikka aru. Mis tähendab erinevat järjestestega? Ja mis seos võib sellel olla sulamistemperatuuriga? Aga olgu, mul puuduvad ka erialased taustateadmised.
CSD-valgu ruumiline struktuur on mitmes bakteris (CspA E.coli, CspB B.subtilis ja teised) tuvastatud. CSD-valkude ruumilised struktuurid on omavahel väga sarnased ja koosnevad viiest ẞ-kihist.
- jälle! ma juba kirjutasin seda ju.
, millede - mille (millede ei ole mitte kunagi)
ei ole külmašokidomeeni sisaldavaid valke kirjeldatud - "ei ole ... leitud" oleks parem
Bakterikultuuride kasvatamisel laboritingimustes viib järsk temparatuuri alandamine kasvu ajutisele peatumisele.
allpool – külmemas keskkonnas - jälle!
sul on see lause kaks korda.
Näiteks Escherichia coli optimaalne kasvutemperatuur on 37ºC, kohanemisprotsess indutseeritakse temperatuuril alla 20ºC ja miinimumtemperatuur on 8ºC. E. coli rakkudes on mitu geeni, mis kodeerivad külmašokivalke. Neid geene tähistatakse vastavalt cspA - cspI (Tabel 1).
inhibeerib - kasuta "pärsib", saab viidata samale lehele
peatub enamuse valkude süntees - peatub süntees enamikel valkudest
ja aktiivselt hakatakse sünteesima uusi madalmolekulaarsed külmašokivalke - ja hakatakse aktiivselt sünteesima (antud juhul oli 1. positsioon enne 'ja'-d)
Selle lõigu kohta veel, ma ei saa ikka aru, kas tegemist on kohanemise (ühe põlvkonna jooksul) või kohastumisega (loodusliku valiku kaudu), kui ise ei tea, siis äkki saad juhendajalt küsida. Võib-olla on kõik praegu õige, aga mina pole positsioonil hindama. Kui ise tead, siis on ok.
Külmašokivalgu YB-1 transport rakutuuma põhjustab inimestel piimanäärmevähki, munasarja adenokartsinoomi ja kopsuvähki.
- Ok, väga hea, võiks ühe kahe sõnaga lisada, et kas see transport on siis ebanormaalne või mille häiritusest see tingitud on. Eelmisest tabelis on ju tuuma heterogeense RNA splaissing üks tema ülesandeid.
Paranda need ära ja anna teada. Vast saab varsti valmis ka.